Perbedaan antara sekuensing senapan dan sekuensing generasi berikutnya

Itu perbedaan utama antara sekuensing senapan dan sekuensing generasi berikutnya adalah itu Sequencing Shotgun adalah metode sekuensing yang secara acak memecah urutan DNA menjadi banyak fragmen kecil dan menyusun kembali sekuensinya dengan mengamati daerah yang tumpang tindih sementara sequencing generasi berikutnya berikutnya (NGS) adalah metode lanjutan dari sekuensing genetik yang tergantung pada elektroforesis kapileryaresis kapiler).

Sequencing adalah proses yang menentukan urutan nukleotida yang tepat dalam gen, sekelompok gen, kromosom, dan genom lengkap. Ini sangat penting dalam studi genomik, studi forensik, virologi, sistematis biologis, diagnosis medis, bioteknologi dan di banyak bidang lain untuk menganalisis struktur dan fungsi gen dan identifikasi organisme. Selain itu, ada berbagai jenis metode sekuensing yang tersedia. Sequencing senapan dan sekuensing generasi berikutnya adalah dua metode canggih di antara mereka.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Sequencing Shotgun 
3. Apa sekuensing generasi berikutnya
4. Kesamaan antara sekuensing senapan dan sekuensing generasi berikutnya
5. Perbandingan berdampingan - Sequencing Shotgun vs Sequencing Generasi Berikutnya Dalam Bentuk Tabel
6. Ringkasan

Apa itu Sequencing Shotgun?

Sequencing Shotgun adalah metode sekuensing yang secara acak memecah urutan DNA dari seluruh kromosom atau seluruh genom menjadi banyak fragmen kecil dan menyusun kembali urutan dengan komputer dengan mengamati urutan atau daerah yang tumpang tindih yang tumpang tindih. Umumnya, genom mamalia secara struktural kompleks dan lebih besar. Oleh karena itu, mereka sulit diurutkan dengan mengkloning karena memakan waktu. Sequencing Shotgun adalah metode yang lebih cepat. Juga lebih murah untuk dilakukan.  Oleh karena itu, para ilmuwan modern mengandalkan metode sekuensing senapan untuk mengatasi genom yang kompleks.

Gambar 01: Sequencing Shotgun

Prosedur Sequencing Shotgun relatif sederhana. Dimulai dengan fragmen seluruh genom menjadi berbagai ukuran dari basis 20 kilo hingga 300 kilo basis. Maka masing -masing dan setiap fragmen harus diurutkan menggunakan metode terminasi rantai. Setelah diurutkan, perlu untuk merakit fragmen dengan melihat daerah yang tumpang tindih menggunakan perangkat lunak komputer yang canggih. Pemetaan konvensional dan kloning urutan tidak diperlukan untuk metode ini. Selain itu, penggunaan peta genetik tidak terjadi dalam metode ini. Namun, karena tidak ada penggunaan peta genom yang ada, kesalahan selama kumpulan lebih mungkin terjadi. Ini adalah salah satu kerugian utama dari metode ini. Selain itu, fragmen yang lebih pendek memberikan informasi yang kurang unik untuk setiap bacaan dalam metode ini. Selain itu, sekuensing senapan gagal menghasilkan data yang cukup untuk menentukan urutan konsensus pada standar akurasi yang diperlukan.

Meskipun memiliki kelemahan yang disebutkan di atas, metode sekuensing senapan saat ini merupakan strategi yang paling efisien dan hemat biaya untuk mengurutkan genom mikroba, termasuk bakteri, virus, dan ragi. Itu karena genom mereka tidak memiliki daerah berulang yang sulit diurutkan, dan dimungkinkan untuk mengumpulkan genom ini dengan mudah menjadi kromosom tanpa kesalahan.

Apa sekuensing generasi berikutnya?

Next Generation Sequencing (NGS) adalah istilah yang digunakan untuk merujuk pada proses sekuensing throughput tinggi modern. Ini menggambarkan sejumlah teknologi sekuensing modern yang berbeda yang merevolusi studi genomik dan biologi molekuler. Teknik -teknik ini termasuk sekuensing Illumina, sekuensing Roche 454, sekuensing proton ion dan urutan (sekuensing dengan deteksi ligasi oligo) sequencing). Sistem NGS lebih cepat dan lebih murah. Empat metode sekuensing DNA utama digunakan dalam sistem NGS: pyrosequencing, sekuensing dengan sintesis, sekuensing dengan ligasi dan sekuensing semikonduktor ion. Sejumlah besar untai DNA atau RNA (jutaan) dapat diurutkan secara paralel dengan NGS. Ini memungkinkan pengurutan seluruh genom organisme dalam waktu singkat.

Gambar 02: Sequencing Generasi Berikutnya

NGS memiliki keunggulan yang berbeda. Ini adalah proses kecepatan tinggi, lebih akurat dan hemat biaya yang dapat dilakukan dengan ukuran sampel yang kecil. Oleh karena itu, memungkinkan analisis seluruh genom manusia dalam percobaan sekuensing tunggal. Selain itu, NG dapat digunakan dalam studi metagenomik, dalam deteksi variasi dalam genom individu karena penyisipan dan penghapusan, dll., dan dalam analisis ekspresi gen. Selain itu, NGS dapat menganalisis seluruh transkriptom dari sejumlah besar jaringan secara bersamaan. Oleh karena itu, NGS telah merevolusi analisis transkriptom.

Apa kesamaan antara sekuensing senapan dan sekuensing generasi berikutnya?

• Sequencing senapan dan sekuensing generasi berikutnya adalah dua metode sekuensing genom.
• Kedua metode adalah metode yang cepat.
• Selain itu, mereka adalah metode yang hemat biaya.
• Mereka dapat mengurutkan banyak fragmen DNA secara paralel.

Apa perbedaan antara sekuensing senapan dan sekuensing generasi berikutnya?

Sequencing senapan dan sekuensing generasi berikutnya adalah dua teknik sekuensing canggih. Metode sekuensing senapan secara acak memecah sekuens DNA dari seluruh kromosom atau seluruh genom menjadi banyak fragmen kecil dan menyusun kembali sekuens dengan komputer dengan mengamati urutan atau daerah yang tumpang tindih. Sebaliknya, Next Generation Sequencing (NGS) adalah istilah yang mengacu pada proses sekuensing throughput tinggi modern.  Jadi, ini adalah perbedaan utama antara sekuensing senapan dan sekuensing generasi berikutnya. Selain itu, sekuensing generasi berikutnya adalah teknik yang tergantung pada elektroforesis kapiler, sedangkan sekuensing senapan tidak bergantung. Oleh karena itu, ini juga perbedaan antara sekuensing senapan dan sekuensing generasi berikutnya. Selain itu, dibandingkan dengan sekuensing senapan, sekuensing generasi berikutnya sangat sensitif dan sangat akurat .

Ringkasan -Sequencing Shotgun vs Sequencing Generasi Berikutnya

Sequencing senapan dan sekuensing generasi berikutnya adalah dua metode sekuensing yang digunakan dalam sekuensing genom. Kedua metode itu adalah metode yang cepat dan hemat biaya. NGS bekerja pada prinsip sekuensing jutaan urutan secara bersamaan dengan cara yang cepat melalui sistem pengurutan. Sebaliknya, sekuensing senapan membutuhkan pemecahan genom menjadi fragmen kecil dan sekuensing dan pemasangan kembali menggunakan sekuens yang tumpang tindih. Jadi, ini merangkum perbedaan antara sekuensing senapan dan sekuensing generasi berikutnya.

Referensi:

1. "Genom Kompleks: Berita Nature Sequencing" Shotgun ", Nature Publishing Group, tersedia di sini.
2. Behjati, Sam, dan Patrick S Tarpey. “Apa sekuensing generasi berikutnya?" Arsip penyakit pada masa kanak-kanak. Edisi Pendidikan dan Praktik, BMJ Publishing Group, DEC. 2013, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. “Seluruh Genome Shotgun Sequencing versus Hierarkis Shotgun Sequencing” oleh Commins, J., Toft, c., Tarif, m. A. - “Metode biologi komputasi dan penerapannya pada genomik komparatif bakteri simbiotik endokeluler dari serangga."Biol. Prosedur Online (2009). Diakses melalui SpringerImages (CC BY-SA 2.5) Via Commons Wikimedia
2. "Hiseq 2000" oleh RE73 - karya sendiri (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia