Perbedaan antara linker dan adaptor

Itu perbedaan utama Antara linker dan adaptor adalah itu Linker tidak memiliki ujung kohesif saat adaptor memiliki satu ujung kohesif.

Ligasi DNA adalah proses bergabung dengan dua molekul DNA bersama -sama, membentuk ikatan fosfodiester. Enzim yang disebut DNA ligase mengkatalisasi reaksi ini. Ini adalah salah satu langkah penting dalam bidang biologis molekuler modern seperti teknologi DNA rekombinan dan kloning DNA. Efisiensi ligasi tergantung pada ujung molekul DNA yang akan diikat. Ada dua jenis ujung DNA sebagai ujung lengket dan ujung tumpul. Efisiensi ligasi tinggi dengan ujung lengket dibandingkan dengan ujung tumpul. Jika molekul DNA target memiliki ujung tumpul, molekul yang disebut adaptor atau penghubung akan berguna. Adaptor dan penghubung secara kimia disintesis molekul oligonukleotida yang membantu dalam ligasi DNA. Mereka juga memiliki situs pembatasan internal. Adaptor memiliki satu ujung lengket dan satu ujung tumpul, sementara Linker memiliki dua ujung tumpul.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu penghubung 
3. Apa itu adaptor
4. Kesamaan antara linker dan adaptor
5. Perbandingan berdampingan - Linker vs Adapter dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu penghubung?

Linker adalah urutan oligonukleotida yang disintesis secara kimia yang beruntai ganda. Linker memiliki dua ujung tumpul. Linker digunakan untuk mengikat molekul DNA yang memiliki ujung tumpul ke vektor. Itu berisi satu atau lebih situs pembatasan internal. Situs pembatasan ini berfungsi sebagai situs pengakuan untuk enzim pembatasan.

Gambar 01: Linker

Setelah ligasi, DNA dibatasi lagi dengan enzim pembatasan untuk menghasilkan ujung yang kohesif. Ecori-linkers dan SAL-I Linker umumnya digunakan.

Apa itu adaptor?

Adaptor adalah urutan oligonukleotida untai ganda yang digunakan untuk menghubungkan dua molekul DNA bersama-sama. Ini adalah urutan singkat dengan satu ujung tumpul dan satu ujung lengket atau kohesif. Oleh karena itu, terdiri dari ekor untai tunggal di satu ujung, yang meningkatkan efisiensi ligasi DNA.

Gambar 02: Ligasi DNA oleh adaptor

Selain itu, adaptor memiliki situs pembatasan internal. Oleh karena itu, setelah ligasi, DNA dapat dibatasi dengan enzim pembatasan yang tepat untuk membuat terminal baru yang menonjol. Salah satu kelemahan adaptor adalah bahwa dua adaptor dapat membentuk redup dengan pasangan basa dengan diri mereka sendiri. Ini dapat dihindari dengan memperlakukan mereka dengan enzim yang disebut alkali fosfatase.

Apa kesamaan antara linker dan adaptor?

• Baik Linker dan Adapter adalah urutan oligonukleotida pendek untai ganda.
• Mereka membawa situs pembatasan internal.
• Selain itu, mereka adalah molekul DNA yang disintesis secara kimia dan molekul sintetis.
• Mereka dapat menghubungkan dua molekul DNA bersama -sama.
• Setelah ligasi penghubung dan adaptor, DNA sekali lagi dibatasi dengan enzim pembatasan untuk menghasilkan ujung yang lengket.

Apa perbedaan antara linker dan adaptor?

Linker adalah dupleks oligonukleotida pendek yang disintesis secara kimia dengan dua ujung tumpul. Adaptor adalah dupleks oligonukleotida pendek yang disintesis secara kimia dengan satu ujung lengket dan satu ujung tumpul. Dengan demikian, ini adalah perbedaan utama antara linker dan adaptor. Selain itu, adaptor dapat membentuk dimer, sementara penghubung tidak membentuk dimer. Jadi, ini adalah perbedaan signifikan lainnya antara linker dan adaptor.

Di bawah ini adalah ringkasan perbedaan antara linker dan adaptor dalam bentuk tabel.

Ringkasan -Linker vs Adaptor

Linker dan Adapter adalah dua jenis oligonukleotida yang disintesis secara kimia yang berguna dalam pengikat DNA tumpul. Linker memiliki dua ujung tumpul, sedangkan adaptor memiliki satu ujung tumpul dan satu ujung kohesif. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara linker dan adaptor. Mereka adalah molekul untai ganda yang memiliki situs pembatasan internal.  Mereka banyak digunakan dalam teknologi DNA rekombinan dan kloning DNA.

Referensi:

1. “Linker DNA.”Wikipedia, Wikimedia Foundation, 31 Agustus. 2020, tersedia di sini.
2. Rothstein, r.J., et al. “[7] adaptor sintetis untuk kloning DNA.Metode dalam Enzimologi, Academic Press, 7 Jan. 2004, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. “Bless Workflow (Update v2)” oleh Karahavet - Karya Sendiri (CC BY -SA 4.0) Via Commons Wikimedia
2. "Persiapan Perpustakaan untuk Platform Solid" oleh Philippe Hupé-Emmanuel Barillot, Laurence Calzone, Philippe Hupé, Jean-Philippe Vert, Andrei Zinovyev, Sistem Komputasi Biologi Kanker Chapman & Hall/CRC Matematika & Biologi Komputasi, 2012 (CC BY-SA-SA (CC BY-SA 3.0) Via Commons Wikimedia