Perbedaan antara docking molekuler dan penilaian

Itu perbedaan utama Antara docking dan penilaian molekuler adalah itu Docking adalah teknik yang digunakan untuk menentukan afinitas pengikatan antara dua molekul sedangkan penilaian adalah proses mengevaluasi pose tertentu dengan menghitung jumlah interaksi antarmolekul yang menguntungkan.

Istilah docking dan penilaian molekuler digunakan dalam bidang pemodelan molekuler. Pemodelan molekuler adalah teknik yang digunakan untuk menentukan kemungkinan pengaturan molekul yang berbeda dalam zat tertentu. Teknik ini penting dalam menciptakan senyawa stabil baru.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu docking molekuler
3. Apa itu skor molekuler
4. Perbandingan berdampingan - Docking molekuler vs skor dalam bentuk tabel
5. Ringkasan

Apa itu docking molekuler?

Docking molekuler adalah simulasi komputasi dari ligan kandidat yang mengikat ke reseptor. Metode ini memprediksi orientasi yang disukai dari satu molekul ke molekul lain ketika terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil. Hasil yang diperoleh dari teknik ini dapat digunakan untuk memprediksi kekuatan asosiasi atau afinitas mengikat antara dua molekul. Di sini, fungsi penilaian molekuler juga penting.

Gambar 01: Diagram sederhana yang menunjukkan proses interaksi molekuler dalam sistem biologis

Secara umum, teknik ini mempertimbangkan molekul yang relevan secara biologis seperti protein, peptida, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid. Molekul -molekul ini sangat penting, dan mereka memainkan peran penting dalam mekanisme transduksi sinyal dalam tubuh kita. Oleh karena itu, orientasi dua molekul yang akan mengikat untuk proses transduksi sinyal ini mempengaruhi jenis sinyal yang diproduksi di sini. Itu berarti; Docking molekuler penting dalam menentukan kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan selama transduksi sinyal dalam sistem biologis.

Selain itu, teknik docking molekuler penting dalam merancang obat berbasis struktur. Itu karena prediktabilitasnya mengikat konformasi molekul kecil seperti ligan ke situs pengikatan yang sesuai.

Apa itu skor molekuler?

Penilaian molekuler adalah jenis fungsi matematika yang berguna dalam mengevaluasi kemajuan docking molekuler. Di bidang kimia komputasi, fungsi penilaian digunakan untuk memprediksi afinitas pengikatan antara dua molekul setelah proses docking. Misalnya, jika kita memiliki molekul kecil obat partikel dan ada target biologis seperti protein, kita dapat mengevaluasi afinitas obat terhadap situs pengikatan. Selain itu, penilaian molekuler dapat digunakan untuk memprediksi interaksi antarmolekul antara dua protein atau antara molekul protein dan DNA.

Gambar 02: Fungsi penilaian secara singkat

Aplikasi utama penilaian molekuler adalah dalam proses perancangan obat-contoh, skrining virtual, perancangan de novo, optimasi timbal, dll.

Apa perbedaan antara docking molekuler dan penilaian?

Docking dan penilaian molekuler penting dalam pemodelan molekuler. Perbedaan utama antara docking dan penilaian molekuler adalah bahwa docking adalah teknik yang digunakan untuk menentukan afinitas pengikatan antara dua molekul sedangkan penilaian adalah proses mengevaluasi pose tertentu dengan menghitung jumlah interaksi antarmolekul yang menguntungkan.

Infografis berikut merangkum perbedaan antara docking molekuler dan penilaian.

Ringkasan -Docking Molekul VS Skor

Docking dan penilaian molekuler penting dalam pemodelan molekuler. Perbedaan utama antara docking dan penilaian molekuler adalah bahwa docking adalah teknik yang digunakan untuk menentukan afinitas pengikatan antara dua molekul sedangkan penilaian adalah proses mengevaluasi pose tertentu dengan menghitung jumlah interaksi antarmolekul yang menguntungkan.

Referensi:

1. “Docking (molekuler).”Docking (Molekul) - Gambaran Umum | Topik ScienceDirect, tersedia di sini.
2. Dar, Ayaz Mahmood. “Docking Molekuler: Pendekatan, Jenis, Aplikasi, dan Tantangan Dasar."Omics International, Omics International, 27 Mar. 2017, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. "Docking Representation 2" oleh Scigenis - sendiri pekerjaan (CC BY -SA 4.0) Via Commons Wikimedia
2. “ScoringFunction” oleh Poulamibarman di Wikibooks Inggris - ditransfer dari EN.Wikibooks to Commons oleh Adrignola menggunakan CommonShelper (domain publik) melalui Commons Wikimedia