Apa perbedaan antara HG19 dan HG38

Itu perbedaan utama Antara HG19 dan HG38 adalah bahwa HG19 adalah genom referensi manusia yang memiliki 7 daerah dengan lokus alternatif, sedangkan HG38 adalah genom referensi manusia yang memiliki 207 daerah dengan lokus alternatif.

Genom referensi memainkan peran penting dalam memetakan urutan DNA untuk analisis berbasis filogenetik dan bioinformatika. Itu mewakili satu set lengkap gen organisme. Dengan kata lain, ini adalah representasi dari urutan genom suatu organisme. Ada berbagai genom referensi yang berbeda yang tersedia secara bebas untuk digunakan untuk pemetaan genomik. Database RefSEQ NCBI adalah salah satu sumber umum dari genom referensi semacam ini. Ini terdiri dari genom referensi dari berbagai organisme, termasuk prokariota, eukariota, dan virus. Ada dua jenis utama genom manusia referensi sebagai HG19 atau GRCH37 dan HG38 atau GRCH38. Mereka adalah rakitan genom manusia yang dikembangkan oleh Genome Reference Consortium (GRC).

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu HG19 
3. Apa itu HG38
4. Kesamaan -HG19 dan HG38
5. HG19 vs HG38 dalam bentuk tabel
6. Ringkasan -HG19 vs HG38

Apa itu HG19?

HG19, juga dikenal sebagai Konsorsium Referensi Genome Human Build 37 (GRCH37), adalah genom referensi yang diterbitkan pada tahun 2009 oleh konsorsium referensi genome. Ini adalah genom haploid dengan lokus alternatif. Ada 7 daerah yang menggambarkan lokus alternatif dalam genom referensi HG19. Genom referensi HG19 dikembangkan dengan mengurutkan klon jadi yang diperoleh dari proyek genom manusia. Selain itu, produk PCR dan urutan senapan juga digunakan dalam membangun genom referensi HG19.

Panjang urutan total genom referensi HG19 adalah 3.101.788.170 bps, dan terdiri dari 249 perancah. Selain itu, ada 271 celah di antara perancah. Saat mempertimbangkan jumlah klon dalam urutan komponen, ada 27.054 klon. Genom referensi terdiri dari jumlah total 24 kromosom dan plasmid.

Apa itu HG38?

HG38, juga dikenal sebagai Konsorsium Referensi Genome Manusia Build 38 (GRCH38), adalah genom referensi manusia terbaru yang dikembangkan oleh konsorsium referensi genom pada tahun 2017. Beberapa lokus ditambahkan ke genom, dan pembaruan baru -baru ini juga dirilis pada Maret 2022. Ada 207 wilayah yang menggambarkan lokus alternatif, yang lebih baik daripada versi HG19. Genom referensi HG38 memiliki 349 celah dalam genom. Kesenjangan ini sebagian besar berada di daerah telomer, sentromer, dan di antara urutan berulang yang panjang. Produk PCR dan urutan senapan digunakan untuk mengisi celah jika perlu.

Gambar 02: HG38

Panjang urutan total genom referensi HG38 adalah 3.099.734.149 bps, dan terdiri dari 473 perancah. Saat mempertimbangkan jumlah klon dalam urutan komponen, ada 35.614 klon. Genom referensi HG38 terdiri dari jumlah total 24 kromosom dan plasmid.

Apa kesamaan antara HG19 dan HG38?

• HG19 dan HG38 adalah urutan DNA.
• Kedua genom tersebut diturunkan setelah penyelesaian proyek genom manusia.
• Selain itu, mereka bertindak sebagai urutan referensi untuk genom manusia.
• Kedua urutan dikembangkan oleh konsorsium referensi genom.
• Selain itu, mereka terdiri dari kesenjangan dalam genom referensi.
• HG19 dan HG38 memiliki 24 kromosom dan plasmid dalam genom mereka.
• Aplikasi HG19 dan HG38 diamati secara luas dalam bioinformatika dan analisis filogenetik.

Apa perbedaan antara HG19 dan HG38?

Genom referensi HG19 memiliki 7 daerah dengan lokus alternatif, sedangkan genom referensi HG38 memiliki 207 wilayah dengan lokus alternatif. Dengan demikian, ini adalah perbedaan utama antara HG19 dan HG38. Sementara genom referensi HG19 dikembangkan pada tahun 2009, genom referensi HG38 dikembangkan pada tahun 2017. Selain itu, ada 271 celah antara perancah dalam genom HG19, sedangkan genom HG38 memiliki 349 celah.

Infografis di bawah ini menyajikan perbedaan antara HG19 dan HG38 dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.

Ringkasan -HG19 vs HG38

HG19 dan HG38 adalah genom referensi manusia yang dikembangkan oleh konsorsium referensi genom. Mereka penting dalam gen pemetaan manusia untuk menyelesaikan analisis bioinformatik dan filogenetik. Genom referensi HG19 memiliki 7 daerah dengan lokus alternatif. Genom referensi HG38 memiliki 207 wilayah dengan lokus alternatif. Genom referensi HG19 dikembangkan pada tahun 2009, sedangkan genom referensi HG38 dikembangkan pada tahun 2017. Jumlah kesenjangan antara perancah dari setiap genom referensi juga berbeda. Dalam hal ini, HG38 memiliki lebih banyak celah yang menampilkan properti canggih. Jadi, ini merangkum perbedaan antara HG19 dan HG38.

Referensi:

1. Caetano-Anolles, Derek. “Referensi Genom Manusia Builds - GRCH38 atau HG38 - B37.”Gatk.
2. Nurk, Sergey, dkk. “Urutan lengkap genom manusia.Laboratorium Biorxiv, Cold Spring Harbor.
3. “GRCH37 - HG19 - Genome - Assembly - NCBI."Informasi Nasional Pusat Bioteknologi, U.S. Perpustakaan Kedokteran Nasional.
4. “GRCH38 - HG38 - Genome - Assembly - NCBI."Informasi Nasional Pusat Bioteknologi, U.S. Perpustakaan Kedokteran Nasional.

Gambar milik:

1. “Browser Genome Terpadu 9.1.0 Menampilkan kromosom 1 dari perakitan genom manusia HG38 ”oleh Aloraine - karya sendiri (CC BY -SA 4.0) Via Commons Wikimedia