Perbedaan antara DNTP dan DDNTP

Itu perbedaan utama antara dntp dan ddntp adalah itu DNTP atau deoksiribonukleotida adalah blok bangunan DNA dan memiliki a 3ʹ-Kelompok OH pada struktur gula pentosa sementara DDNTP atau Dideoxynucleoside trifosphate adalah nukleotida yang kurang 3ʹ-Kelompok OH dan mereka digunakan dalam teknik sekuensing DNA Dideoksi Sanger untuk menghasilkan urutan DNA panjang yang berbeda.

DNTP dan DDNTP adalah nukleotida. DNTP mengacu pada nukleotida deoksiribosa. Mereka adalah blok bangunan DNA. DNTP digunakan untuk mensintesis DNA. DNTP, di sisi lain, mengacu pada trifosfat Dideoxynucleoside. Mereka digunakan dalam sekuensing Sanger untuk mengakhiri sintesis DNA pada panjang yang berbeda. Mereka kekurangan kelompok OH pada posisi 3ʹ. Hidrogen hadir pada posisi 3ʹ bukan kelompok OH. Oleh karena itu, ddntps tidak dapat membentuk ikatan fosfodiester dengan nukleotida berikutnya. DNTP mampu melakukan sintesis DNA, sedangkan DDNTP mampu menghentikan polimerisasi DNA.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu DNTP 
3. Apa itu ddntp
4. Kesamaan antara dntp dan ddntp
5. Perbandingan berdampingan - dntp vs ddntp dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu DNTP?

DNTP adalah singkatan dari nukleotida deoksiribosa atau deoksiribonukleotida. Ini adalah blok bangunan DNA. Ada empat jenis DNTP. Mereka adalah DATP, DTTP, DCTP dan DGTP. Mereka dinamai sesuai dengan basa nitrogen purin atau pirimidin: adenin (a), guanin (g), timin (t) dan sitosin (c).

Gambar 01: DNTP

Adenin dan guanin adalah basa purin sedangkan timin dan sitosin adalah basa pirimidin. Gula pentosa DNTP adalah deoksiribosa. Ada juga kelompok fosfat. Oleh karena itu, DNTP terdiri dari tiga komponen: basa nitrogen, gula deoksiribosa dan gugus fosfat. DNTP ini bergabung satu sama lain melalui ikatan fosfodiester. Dalam DNTPS, ada gugus OH yang melekat pada posisi 3ʹ gula pentosa yang diperlukan untuk membentuk hubungan dengan gugus fosfat yang melekat pada karbon 5ʹ dari gula nukleotida berikutnya. Karena semua DNTP memiliki kelompok 3ʹ -OH ini, mereka mampu mensintesis dan memperluas untaian DNA. Oleh karena itu, DNTP bertindak sebagai unit pengulangan dasar DNA dan bahan kimia gen. Sintesis DNA selalu berlangsung dari 5ʹ hingga 3ʹ.

Apa itu ddntp?

Sanger Sequencing adalah metode sekuensing DNA generasi pertama yang dikembangkan oleh Frederick Sanger dan perguruan tingginya pada tahun 1977. Ini juga dikenal sebagai pengurutan terminasi rantai atau sekuensing dideoksi karena prinsip dasar metode ini adalah terminasi rantai menggunakan triphosphats dideoxynucleoside (DDNTPS). DDNTPS adalah nukleotida yang digunakan dalam sekuensing Sanger. Sanger Sequencing didasarkan pada penggabungan selektif DDNTPS dan penghentian sintesis DNA selama in vitro Replikasi DNA. Keistimewaan DDNTPS adalah bahwa mereka tidak memiliki kelompok 3ʹ-OH pada gula pentosa untuk melanjutkan pembentukan ikatan fosfodiester antara gugus fosfat 5ʹ dalam nukleotida yang berdekatan. Oleh karena itu, begitu ddntp melekat pada untai yang meluas, perpanjangan rantai berhenti dan berakhir dari titik itu. DDNTPS bertindak sebagai penghambat rantai-elongating dari DNA polimerase selama metode sekuensing Sanger.

Gambar 02: ddntp

Ada empat ddntps: ddatp, ddctp, ddgtp dan ddttp yang digunakan dalam sekuensing sanger. Nukleotida ini menghentikan proses replikasi DNA ketika mereka dimasukkan ke dalam untaian DNA yang tumbuh. Akibatnya, sequencing Sanger menghasilkan berbagai panjang DNA pendek. Elektroforesis gel kapiler digunakan untuk mengatur untaian DNA pendek ini dengan ukurannya pada gel. DDNTPS secara radioaktif atau fluoresensi diberi label dengan warna yang berbeda untuk kemudahan menganalisis urutan DNA. Dengan menganalisis gel, urutan nukleotida untai DNA yang tidak diketahui dapat ditentukan.

Apa kesamaan antara dntp dan ddntp?

• Baik DNTP dan DDNTP digunakan dalam sekuensing Sanger.
• Ada empat jenis DNTP dan DDNTPS.
• Mereka terdiri dari tiga komponen: basa nitrogen, gula deoksiribosa dan gugus fosfat.

Apa perbedaan antara DNTP dan DDNTP?

DNTP adalah salah satu dari empat jenis deoksiribonukleotida yang merupakan blok bangunan DNA. DDNTP adalah salah satu dari empat jenis trifosfat Dideoxyribonucleoside yang digunakan dalam teknik sekuensing Sanger. DNTP memiliki kelompok 3ʹ-OH pada gula pentosa sedangkan DDNTP tidak memiliki kelompok 3ʹ-OH pada gula pentosa. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara DNTP dan DDNTP. Selain itu, DNTP melakukan polimerisasi DNA sementara DDNTPS mengakhiri polimerisasi DNA. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan besar lainnya antara DNTP dan DDNTP.

Infografis di bawah ini mencantumkan perbedaan antara DNTP dan DDNTP dalam bentuk tabel.

Ringkasan -dntp vs ddntp

DNTP normal adalah blok bangunan DNA sedangkan DDNTPS adalah nukleotida yang digunakan dalam teknik sekuensing Sanger. dntp memiliki 3ʹ-oh sedangkan ddntp tidak memiliki 3ʹ-oh. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara DNTP dan DDNTP. Selain itu, DNTP dapat mensintesis untai DNA sementara DDNTP dapat mengakhiri polimerisasi DNA. Oleh karena itu, DDNTP digunakan dalam sekuensing Sanger untuk menghasilkan untaian DNA yang berbeda dengan panjang yang bervariasi. Selama sekuensing Sanger, baik DNTP dan DDNTP disertakan.

Referensi:

1. “Dideoxynucleotide.”Wikipedia, Wikimedia Foundation, 12 Juli 2020, tersedia di sini.
2. “Struktur dan fungsi DNA.Lumen, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. "Desoxyribonucleotides" Par Bionet - Personel Travail (CC0) via Commons Wikimedia

2. “Pengakhiran Dideoksi Perpanjangan DNA” oleh Michał Sobkowski - Karya Sendiri (CC oleh 3.0) Via Commons Wikimedia