Perbedaan antara metagenomik dan metatranskriptomik

Itu perbedaan utama Antara metagenomik dan metatranskriptomik bergantung pada jenis biomolekul yang dipelajari di setiap area. Metagenomics Studi DNA, urutannya dan perilakunya dalam organisme, sementara metatranskriptomik mempelajari DNA yang ditranskripsi, terutama urutan mRNA dan perilakunya dalam organisme.

Metagenomik dan metatranskriptomik adalah dua bidang yang telah mendapatkan banyak popularitas selama bertahun -tahun dalam kaitannya dengan komunitas mikroba. Mereka penting dalam perawatan kesehatan, industri, dan bioteknologi pertanian. Baik metagenomik dan metatranskriptomik memungkinkan studi organisme individu dalam suatu komunitas dan peran fungsionalnya yang bermanfaat atau berbahaya.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu metagenomik 
3. Apa itu metatranscriptomics
4. Kesamaan antara metagenomik dan metatranskriptomik
5. Perbandingan berdampingan - metagenomik vs metatranskriptomik dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu metagenomik?

Metagenomik adalah bidang studi yang mengeksplorasi asam deoksiribonukleat (DNA). Ini paling relevan dengan komunitas mikroba. Juga, ini adalah bidang yang lebih canggih dibandingkan dengan genomik. Dalam genomik, analisis DNA organisme tertentu terjadi. Namun, metagenomik melibatkan analisis materi genetik di seluruh komunitas organisme. Dengan demikian, ini memungkinkan mempelajari perilaku komunitas organisme yang berkaitan dengan satu kondisi atau satu lingkungan.

Gambar 01: Metagenomik

Teknik utama yang terlibat dalam studi metagenomik adalah sequencing generasi berikutnya (NGS) yang menggunakan teknologi array mikro. Metode NGS dapat menganalisis banyak organisme dalam reaksi tunggal untuk ada atau tidak adanya sekuens DNA spesifik. Urutan DNA ini mungkin bertanggung jawab atas kondisi penyakit tunggal atau kondisi lingkungan. Oleh karena itu, menggunakan pengetahuan metagenomik, penyaringan organisme dapat dilakukan dengan mudah dan akurat. Urutan selama NGS berlangsung dalam bacaan singkat dan profil DNA organisme terjadi. Urutan DNA 16S adalah urutan populer yang dipelajari dalam metagenomik tentang mikroorganisme.

Mengikuti pengurutan komunitas organisme, penyelarasan urutan harus dilakukan. Alat seperti Alat Lokal Penyelarasan Lokal Dasar (BLAST) digunakan untuk memenuhi tugas penyelarasan. Mengikuti penyelarasan, pohon filogenetik memberikan hubungan masing -masing organisme dalam komunitas dan perincian tentang perilakunya.

Apa itu metatranscriptomics?

Metatranscriptomics adalah bidang studi yang membahas transkriptom suatu organisme. Transkriptome merupakan seluruh urutan RNA yang ditranskripsi selama transkripsi DNA. Urutan mRNA yang ada dalam transkriptome memberikan informasi tentang ekspresi genetik. Metatranscriptomics adalah analisis beberapa transkriptom di seluruh populasi atau komunitas.

Gambar 02: Analisis Transkriptome

Studi Metatranscriptomics juga menggunakan teknologi microarray untuk menemukan urutan urutan baca pendek. Selain itu, metatranskriptomik juga melibatkan analisis bioinformatika menyeluruh menggunakan alat perataan dan metode perancangan pohon. Namun, bidang metatranskriptomik jauh lebih sulit dibandingkan dengan metagenomik. Ekstraksi mRNA atau RNA secara keseluruhan tidak semudah yang terlihat. Karena RNA sangat rentan terhadap kehancuran dan memiliki waktu hidup yang sangat singkat, pemeliharaan dan penyimpanannya bisa menjadi kueri yang mungkin.

Apa kesamaan antara metagenomik dan metatranskriptomik?

• Metagenomik dan metatranskriptomik adalah teknik throughput tinggi untuk menganalisis komunitas organisme, terutama komunitas mikroba.
• Kedua teknik menggunakan teknologi microarray untuk menyimpulkan temuan.
• Hasil yang diperoleh sering dianalisis dengan menggunakan perataan ledakan dan pohon filogenetik.
• Selain itu, kedua teknik tidak fokus pada satu organisme, tetapi kelompok atau organisme komunitas.
• Selain itu, kedua konsep juga dipelajari sebagian besar dalam kaitannya dengan mikroba - alasan utama adalah beragam peran mereka yang dimainkan.

Apa perbedaan antara metagenomik dan metatranskriptomik?

Metagenomik dan metatranskriptomik melibatkan analisis materi genetik dalam komunitas organisme. Dengan demikian, metagenomik menyangkut pola dan urutan DNA sedangkan metatranskriptomik merujuk pada analisis mRNA atau DNA yang ditranskripsi. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara metagenomik dan metatranskriptomik.

Selain itu, prosedur ekstraksi berbeda di kedua teknik; Metagenomik melibatkan prosedur ekstraksi DNA dan metatranskriptomik melibatkan prosedur ekstraksi RNA. Oleh karena itu, ini juga perbedaan yang signifikan antara metagenomik dan metatranskriptomik.

Infografis di bawah ini merangkum perbedaan antara metagenomik dan metatranskriptomik:

Ringkasan -Metagenomik vs Metatranscriptomics

Metagenomik dan metatranskriptomik adalah bidang studi baru yang menganalisis komunitas organisme untuk kondisi tertentu. Dengan demikian, metagenomik mengacu pada analisis sekuens DNA. Sebaliknya, metatranskriptomik mengacu pada analisis urutan RNA atau produk DNA yang ditranskripsi. Dalam hal ini, metatranskripomik memungkinkan identifikasi ekspresi gen untuk kasus tertentu. Keduanya penting dalam menganalisis mutasi dan efeknya. Ini adalah teknik yang cepat dan lebih andal yang digunakan dalam diagnosis sebelumnya. Dengan demikian, ini adalah ringkasan perbedaan antara metagenomik dan metatranskriptomik.

Referensi:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa, dkk,. “Pendekatan metagenomik, metatranskriptomik, dan metabolisme untuk analisis mikrobioma.”Bioinformatika Evolusi Online, Libertasacademica, 12 Mei 2016, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. “PCBI.1002808.G001 ”dengan angka filogeni (CC dengan 2.0) Via Flickr
2. "Transkriptome Gbr 3" oleh Danny556 (bicara)-buatan sendiri (C by-sa 3.0) Via Flickr