Perbedaan antara nanopore dan sequencing Illumina

Itu perbedaan utama Antara Nanopore dan Illumina Sequencing adalah bahwa sekuensing nanopore adalah teknik sekuensing generasi ketiga yang menggunakan nanopore untuk mendeteksi urutan molekul DNA, sedangkan sekuensing Illumina adalah teknik sekuensing generasi kedua yang menggunakan teknologi terminator reversibel untuk mendeteksi urutan molekul DNA A DNA yang menggunakan A DNA Molekul A A DNA yang molekul A DNA A DNA yang molekul a DNA A A A A DNA Technology A DNA.

Sequencing DNA adalah penentuan nukleotida yang tepat atau urutan dasar molekul DNA. Ada banyak metode cepat untuk menentukan urutan asam nukleat yang mempercepat penemuan penelitian biologis dan medis. Salah satu teknik sekuensing DNA pertama (Sequencing Sanger) dikembangkan oleh Frederick Sanger pada tahun 1975 dengan mengadopsi strategi ekstensi primer di MRC Center, Cambridge, UK. Saat ini, mayoritas teknik sekuensing DNA cepat milik generasi kedua (generasi berikutnya) dan kategori sekuensing DNA generasi ketiga. Nanopore dan Illumina Sequencing adalah dua teknologi DNA baru.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu sequencing nanopore
3. Apa itu Urutan Illumina
4. Kesamaan - Sequencing Nanopore dan Illumina
5. Nanopore vs Illumina Sequencing dalam bentuk tabel
6. Ringkasan - Sequencing Nanopore vs Illumina

Apa itu sequencing nanopore?

Sequencing nanopore adalah teknik sekuensing generasi ketiga yang menggunakan protein nanopore untuk mendeteksi urutan asam nukleat dari molekul DNA. Dalam pengurutan nanopore, DNA yang melewati nanopore mengubah arusnya. Perubahan ini tergantung pada bentuk, ukuran, dan panjang urutan DNA. Sinyal yang dihasilkan diterjemahkan untuk mendapatkan urutan DNA atau RNA spesifik. Metode ini tidak memerlukan nukleotida yang dimodifikasi, dan kinerjanya secara real-time.

Gambar 01: Urutan Nanopore

Oxford Nanopore Technologies adalah perusahaan populer yang memproduksi berbagai perangkat sekuensing nanopore. Sebagian besar perangkat sekuensing nanopore Oxford memiliki sel aliran. Sel aliran ini memiliki sejumlah nanopori kecil yang tertanam dalam membran tahan elektro. Setiap nanopore sesuai dengan elektroda sendiri. Elektroda ini terhubung ke saluran dan chip sensor. Elektroda ini mengukur arus listrik yang mengalir melalui nanopore. Saat molekul melewati nanopore, perubahannya saat ini atau terganggu. Selain itu, gangguan ini menghasilkan squiggle yang khas. Squiggle ini kemudian diterjemahkan untuk menentukan urutan DNA atau RNA secara real-time.

Apa itu Urutan Illumina?

Illumina Sequencing adalah teknik sekuensing generasi kedua yang menggunakan teknologi terminator pewarna reversibel untuk mendeteksi urutan molekul DNA. Solexa Company, yang sekarang menjadi bagian dari Illumina Company, didirikan pada tahun 1998.  Perusahaan ini menemukan metode pengurutan ini berdasarkan teknologi terminator pewarna reversibel dan polimerase rekayasa.

Gambar 02: Urutan Illumina

Dalam metode sekuensing Illumina, sampel pertama kali dibelah menjadi bagian pendek.  Oleh karena itu, dalam sekuensing Illumina, pembacaan atau fragmen pendek 100-150bp dibuat di awal. Fragmen -fragmen ini kemudian diikat ke adaptor generik dan dianil ke slide. PCR dilakukan untuk memperkuat setiap fragmen. Ini menciptakan tempat dengan banyak salinan dari fragmen yang sama. Kemudian, mereka dipisahkan menjadi satu untai tunggal dan mengalami pengurutan.  Slide sekuensing mengandung nukleotida berlabel fluoresensi, DNA polimerase, dan terminator. Karena Terminator, hanya satu basis yang ditambahkan sekaligus. Setiap terminator siklus dihapus, dan memungkinkan penambahan basis berikutnya ke situs. Selanjutnya, berdasarkan sinyal fluoresen, komputer mendeteksi basis yang ditambahkan dalam setiap siklus. Teknologi Sequencing Illumina Membangun Urutan dalam 4 hingga 56 Jam.

Apa kesamaan antara nanopore dan sequencing Illumina?

• Nanopore dan Illumina Sequencing adalah dua teknik sekuensing.
• Keduanya adalah metode sekuensing cepat dan baru.
• Mereka digunakan untuk mendeteksi urutan DNA dan RNA.
• Keduanya memiliki akurasi tinggi.

Apa perbedaan antara nanopore dan sequencing Illumina?

Sequencing nanopore adalah teknik sekuensing generasi ketiga yang menggunakan nanopore untuk mendeteksi urutan molekul DNA. Sebaliknya, Sequencing Illumina adalah teknik sekuensing generasi kedua yang menggunakan teknologi terminator pewarna reversibel untuk mendeteksi urutan molekul DNA. o, ini adalah perbedaan utama antara nanopore dan sequencing Illumina. Selain itu, pengurutan nanopore memiliki akurasi 92-97%, sedangkan Sequencing Illumina memiliki akurasi 99%.

Infografis berikut mencantumkan perbedaan antara nanopore dan sequencing Illumina dalam bentuk tabel.

Ringkasan -Sequencing Nanopore vs Illumina

Teknik urutan throughput tinggi termasuk metode sekuensing generasi kedua (bacaan pendek) dan generasi ketiga (membaca panjang). Nanopore dan Illumina Sequencing adalah dua teknologi DNA baru yang termasuk dalam kategori sekuensing DNA generasi ketiga dan generasi kedua (generasi berikutnya). Sequencing nanopore menggunakan nanopore untuk mendeteksi urutan molekul DNA. Di sisi lain, Sequencing Illumina menggunakan teknologi terminator pewarna reversibel untuk mendeteksi urutan molekul DNA. Dengan demikian, ini adalah ringkasan perbedaan antara nanopore dan sequencing Illumina.

Referensi:

1. “Urutan DNA.”Oxford Nanopore Technologies.
2. “Urutan Pewarna Illumina."Tinjauan umum | Topik ScienceDirect.

Gambar milik:

1. “Oxford Nanopore Minion Flow Cell Back” oleh Cirosantilli2 - Karya Sendiri (CC BY -SA 4.0) Via Commons Wikimedia
2. "Illumina Miseq Sequencer" oleh Konrad Förstner - karya sendiri (CC0) melalui Commons Wikimedia