Perbedaan antara NGS dan WGS

Itu perbedaan utama Antara NGS dan WGS adalah bahwa sequencing generasi berikutnya (NGS) adalah teknologi sekuensing generasi kedua paralel paralel yang merupakan throughput tinggi, biaya rendah, dan cepat, sedangkan sekuensing seluruh genom (WGS) adalah metode komprehensif untuk menganalisis seluruh DNA genom sel suatu sel suatu sel) Pada satu waktu dengan menggunakan teknik sekuensing seperti sekuensing Sanger, pendekatan senapan atau urutan NGS throughput tinggi.

Dalam beberapa dekade terakhir, pemahaman genom manusia dan hewan lain telah meningkat secara besar -besaran karena penemuan teknik sekuensing cepat dan alat bioinformatika. Teknik Sequencing Konvensional seperti Sequencing Sanger memiliki keterbatasan, yang menyerukan pengembangan metode sekuensing cepat baru seperti sequencing generasi berikutnya (NGS) dan sequencing nanopore. Teknik Sequencing Seluruh Genome (WGS) adalah pendekatan terbaru yang sudah digunakan dalam banyak proyek penelitian genomik, seperti 100.000 Proyek Genomik oleh Genomic England, Inggris. Jadi, NGS dan WGS adalah dua metode sekuensing yang saat ini digabungkan dalam banyak proyek genomik.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu NGS 
3. Apa itu WGS
4. Kesamaan - NGS dan WGS
5. NGS vs WGS dalam bentuk tabel
6. Ringkasan - NGS vs WGS

Apa itu NGS?

NGS (Sequencing generasi berikutnya) adalah teknologi sekuensing generasi kedua paralel yang sangat paralel yang throughput tinggi, biaya rendah, dan cepat. Tidak ada definisi yang tepat untuk sekuensing generasi berikutnya. Tapi kita dapat dengan jelas membedakannya dari teknik sekuensing berbasis kapiler konvensional. Sequencing generasi berikutnya memungkinkan sekuensing molekul DNA dengan ukuran total lebih besar dari 1 juta pasangan basa dalam satu percobaan tunggal. Ini menawarkan kecepatan yang belum pernah terjadi sebelumnya dan opsi throughput tinggi, seperti memungkinkan pengurutan DNA beberapa individu pada saat yang sama. Ini dicapai dengan miniatur volume reaksi sekuensing individu. Selain itu, ini juga membatasi ukuran instrumen dan meminimalkan biaya reagen per reaksi.

Gambar 01: Platform NGS

NGS adalah metode sekuensing membaca pendek yang telah merevolusi bidang penelitian biologis. Selanjutnya, NGS diterapkan di berbagai bidang seperti sekuensing genom de novo, sekuensing seluruh genom, analisis transkriptome, RNA kecil dan sekuensing RNA mikro, resequencing yang ditargetkan, dan sekuensing utuh-exome.

Apa itu WGS?

WGS (Sequencing seluruh genom) adalah metode komprehensif untuk menganalisis seluruh DNA genom sel satu waktu dengan menggunakan teknik sekuensing seperti sekuensing Sanger, pendekatan senapan, atau pengurutan NGS throughput tinggi. Ini juga dikenal sebagai sekuensing genom penuh atau sekuensing genom lengkap. Sequencing seluruh genom memerlukan pengurutan semua DNA kromosom organisme serta DNA dalam mitokondria, dan untuk tanaman, DNA dalam kloroplas pada satu waktu. WGS memungkinkan para ilmuwan untuk membaca urutan yang tepat dari semua huruf yang membentuk set DNA lengkap. WGS menggunakan platform NGS diharapkan untuk merevolusi pengaturan klinis.

Gambar 02: WGS vs Sequencing Shotgun Hierarkis

Sequencing seluruh genom diperkenalkan ke perawatan klinis pada tahun 2014. Selain itu, penerapan WGS melibatkan pengurutan gen pada tingkat SNP untuk menentukan varian fungsional dalam studi asosiasi, intervensi terapeutik dalam pengobatan yang dipersonalisasi, biologi evolusi, analisis genomik komparatif, mutasi dan studi pengaturan ulang, studi asosiasi varian yang langka, dan memprediksi kerentanan penyakit dan obat -obatan tanggapan.

Apa kesamaan antara NG dan WGS?

• NGS dan WGS adalah dua teknik sekuensing.
• Kedua teknik baik urutan DNA atau RNA.
• Teknik -teknik ini baru dan dapat diandalkan.
• Keduanya digunakan dalam mendiagnosis penyakit dan penemuan obat.

Apa perbedaan antara NGS dan WGS?

NGS adalah teknologi sekuensing generasi kedua paralel paralel yang merupakan throughput tinggi, biaya rendah, dan cepat, sedangkan WGS adalah metode komprehensif untuk menganalisis seluruh DNA genomik sel pada satu waktu dengan menggunakan teknik pengurutan seperti sekuensing Sanger, senapan Pendekatan atau Throughput Tinggi Urutan NGS. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara NGS dan WGS. Selain itu, NGS hanya terdiri dari metode sekuensing generasi kedua sementara WGS terdiri dari metode sekuensing generasi pertama, kedua, dan ketiga.

Tabel berikut menyajikan perbedaan antara dan NG dan WG dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.

Ringkasan -NGS vs WGS

Dalam beberapa dekade terakhir, teknik sekuensing yang berbeda secara rutin telah diterapkan dalam penelitian molekuler kontemporer. Dan bahkan mereka adalah alat yang sangat kuat untuk banyak aplikasi klinis. NGS dan WGS adalah dua metode sekuensing yang saat ini digabungkan dalam banyak proyek genomik.   NGS adalah teknologi sekuensing generasi kedua yang throughput tinggi, biaya rendah, dan cepat. Di sisi lain, WGS adalah metode menganalisis seluruh DNA genomik atau DNA genomik penuh sel pada satu waktu dengan menggunakan teknik sekuensing seperti sekuensing Sanger, pendekatan senapan, atau pengurutan NGS throughput tinggi. Jadi, ini adalah ringkasan perbedaan antara NG dan WGS.

Referensi:

1. Behjati, Sam, dan Patrick S Tarpey. “Apa sekuensing generasi berikutnya?" Arsip penyakit pada masa kanak-kanak. Edisi Pendidikan dan Praktik, BMJ Publishing Group.
2. “Urutan seluruh genom."Tinjauan umum | Topik ScienceDirect.

Gambar milik:

1. "2nd Generation Sequencing" oleh Chandra Shekhar Pareek, Rafal Smoczynski, dan Andrzej Tretyn - Journal of Applied Genetics - Volume 52 - Edisi 4 (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia
2. “Seluruh Genome Shotgun Sequencing versus Hierarkis Shotgun Sequencing” oleh Commins, J., Toft, c., Tarif, m. A. - “Metode Biologi Komputasi dan Penerapannya pada Genomik Komparatif Bakteri Simbiotik endoseluler dari Serangga” Biol. Prosedur Online (2009). Diakses melalui springerimages. (CC BY-SA 2.5) Via Commons Wikimedia