Perbedaan antara terjemahan Nick dan pengisian akhir

Itu perbedaan utama Antara terjemahan Nick dan pengisian akhir adalah itu Terjemahan Nick adalah proses yang membuat probe DNA berlabel untuk berbagai reaksi hibridisasi sementara pengisian ujung adalah teknik yang menciptakan fragmen tumpul dengan menambahkan nukleotida ke dalam overhang beruntai tunggal.

Terjemahan dan pengisian ujung Nick adalah dua teknik yang digunakan dalam biologi molekuler. Terjemahan Nick digunakan untuk probe pelabelan untuk hibridisasi untuk mendeteksi urutan nukleotida tertentu. Pengisian ujung digunakan untuk membuat fragmen tumpul yang memiliki ujung lengket dengan overhang untai tunggal. Kedua teknik sangat penting, dan mereka secara rutin dilakukan di laboratorium penelitian molekuler.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu terjemahan nick 
3. Apa itu pengisian akhir
4. Kesamaan antara terjemahan Nick dan pengisian akhir
5. Perbandingan berdampingan - Nick Translation vs End Filling dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu terjemahan nick?

Terjemahan Nick adalah teknik penting yang digunakan untuk menyiapkan probe berlabel untuk berbagai teknik biologis molekuler seperti blotting, in situ hibridisasi, fluorescent in situ hibridisasi, dll. Ini adalah sebuah in vitro Metode pelabelan DNA. Probe DNA digunakan untuk mengidentifikasi urutan DNA atau RNA spesifik. Dengan bantuan probe berlabel, fragmen spesifik dapat ditandai atau divisualisasikan dari campuran kompleks asam nukleat. Oleh karena itu probe berlabel disiapkan menggunakan berbagai teknik. Terjemahan Nick adalah salah satu metode yang menghasilkan probe berlabel dengan bantuan enzim DNase 1 dan DNA polimerase 1.

Gambar 01: Terjemahan Nick

Proses terjemahan Nick dimulai dengan aktivitas enzim DNase 1. DNase 1 memperkenalkan torehan ke tulang punggung fosfat DNA untai ganda dengan membelah ikatan fosfodiester antara nukleotida. Setelah Nick dibuat, kelompok Nukleotida 3 'OH gratis akan diproduksi, dan enzim DNA polimerase 1 akan bertindak di atasnya. 5 'hingga 3' aktivitas eksonuklease dari DNA polimerase 1 menghilangkan nukleotida dari nick menuju arah 3 'untai DNA.

Secara bersamaan, aktivitas polimerase enzim DNA polimerase 1 berfungsi dan menambahkan nukleotida untuk menggantikan nukleotida yang dihilangkan. Jika nukleotida diberi label, penggantian akan terjadi oleh nukleotida berlabel, dan akan menandai DNA untuk identifikasi. Akhirnya, DNA berlabel yang baru disintesis ini dapat digunakan sebagai probe dalam berbagai reaksi hibridisasi.

Apa itu pengisian akhir?

Pengisian akhir adalah teknik yang digunakan dalam biologi molekuler untuk membuat fragmen tumpul. Pencernaan pembatasan menghasilkan fragmen dengan overhang. Fragmen -fragmen ini mungkin tidak kompatibel untuk mengikat ke dalam vektor plasmid. Vektor sering tumpul untuk memungkinkan tujuan yang tidak kompatibel untuk bergabung. Oleh karena itu, fragmen dengan overhang dapat ditumpulkan dengan menambahkan nukleotida ke untaian komplementer menggunakan overhang sebagai templat untuk polimerisasi. Proses ini dikenal sebagai pengisian akhir.

DNA polimerase seperti fragmen klenow dari DNA polimerase I dan T4 DNA polimerase mengkatalisasi akhir pengisian. Mereka menambahkan nukleotida untuk mengisi (5 '→ 3') dan mengunyah kembali (3 '→ 5'). Setelah ujung lengket terisi, mereka menjadi tumpul, dan mereka siap untuk mengikat ke dalam vektor.

Selanjutnya, pengisian ujung dapat digunakan untuk memberi label molekul DNA. Namun, itu hanya dapat digunakan untuk memberi label molekul DNA dengan ujung lengket. Dibandingkan dengan terjemahan Nick, pengisian akhir adalah metode yang lebih lembut yang jarang menyebabkan istirahat DNA.

Apa kesamaan antara terjemahan nick dan pengisian akhir?

• Terjemahan Nick dan pengisian akhir adalah teknik biologis molekuler.
• Mereka dapat digunakan untuk memberi label probe.
• Keduanya in vitro

Apa perbedaan antara terjemahan Nick dan pengisian akhir?

Terjemahan Nick adalah teknik yang membuat probe berlabel untuk hibridisasi. Sebaliknya, pengisian ujung adalah teknik yang menciptakan fragmen tumpul untuk ligasi menjadi vektor. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara terjemahan Nick dan pengisian akhir. Selain itu, terjemahan Nick membutuhkan penggunaan aktivitas eksonuklease 5'to 3 'sementara pengisian akhir tidak memerlukan aktivitas eksonuklease 5'to 3'.

Infografis di bawah ini menabulasi perbedaan antara terjemahan Nick dan pengisian akhir lebih detail.

Ringkasan -Nick Translation vs End Filling

Terjemahan Nick adalah metode yang menggabungkan nukleotida radiolabel ke dalam DNA. Itu mensintesis probe berlabel berdasarkan aktivitas DNase 1 dan E. coli Enzim DNA polimerase 1. Akhir pengisian, di sisi lain, adalah teknik yang menghasilkan fragmen tumpul. Ketika fragmen memiliki ujung yang lengket (overhang untai tunggal), perlu untuk membuatnya tumpul untuk mengikat ke vektor. Pengisian akhir menambah nukleotida yang kompatibel dan membuat fragmen ujung tumpul untuk membuatnya kompatibel untuk ligasi. Dengan demikian, ini merangkum perbedaan antara terjemahan Nick dan pengisian akhir.

Referensi:

“Blunting: Neb."New England Biolabs: Reagents for the Life Sciences Industry, tersedia di sini.
“Terjemahan Nick - Tinjauan Umum”. Sciencedirect.Com, 2020, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. “Ikan (hibridisasi in situ fluorescent)” oleh Mrmatze - karya sendiri (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia