Perbedaan antara Northern Southern dan Western blotting

Perbedaan utama - Northern vs Southern vs Western blotting
 

Deteksi urutan spesifik DNA, RNA, dan protein sangat penting untuk berbagai jenis studi dalam biologi molekuler. Elektroforesis gel adalah teknik yang memisahkan DNA, RNA, dan protein sesuai dengan ukurannya. Dari profil gel, urutan DNA tertentu, urutan RNA, atau protein terdeteksi oleh teknik khusus yang disebut blotting dan hibridisasi dengan probe berlabel. Ada tiga jenis metode blotting yang berbeda yaitu selatan, utara dan barat. Perbedaan utama antara Northern Southern dan Western blotting terletak pada jenis molekul yang dideteksi dari sampel. Southern Blotting adalah metode yang mendeteksi urutan DNA spesifik dari sampel DNA. Northern Blotting adalah teknik yang mendeteksi urutan RNA spesifik dari sampel RNA. Western blotting adalah metode yang mendeteksi protein spesifik dari sampel protein.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Southern Blotting
3. Apa itu Northern Blotting
4. Apa itu Western blotting
5. Perbandingan berdampingan - Northern vs Southern vs Western blotting
6. Ringkasan

Apa itu Southern Blotting?

Teknik blotting selatan dikembangkan oleh E. M. Selatan pada tahun 1975 untuk identifikasi urutan DNA spesifik dari sampel DNA. Ini adalah teknik blotting pertama yang diperkenalkan dalam biologi molekuler. Ini memungkinkan deteksi gen spesifik dari DNA, fragmen spesifik dari DNA, dll. Ada beberapa langkah yang terlibat dalam teknik blotting selatan. Mereka adalah sebagai berikut.

1. DNA diisolasi dari sampel dan dicerna dengan endonuklease pembatasan.
2. Sampel yang dicerna dipisahkan oleh elektroforesis gel agarosa.
3. Fragmen DNA dalam gel didenaturasi menjadi untaian tunggal dengan menggunakan larutan alkali.
4. DNA untai tunggal ditransfer ke membran filter nitroselulosa dengan transfer kapiler.
5. DNA yang ditransfer ditetapkan ke membran secara permanen.
6. DNA tetap pada membran hibridisasi dengan probe berlabel.
7. DNA yang tidak terikat dicuci dari membran dengan mencuci.
8. Film X-Ray terpapar pada membran dan autoradiograph yang disiapkan.

Southern Blotting diterapkan untuk berbagai aspek biologi molekuler. Ini berguna dalam pemetaan RFLP, studi forensik, metilasi DNA dalam ekspresi gen, deteksi gen bermutasi dalam gangguan genetik, sidik jari DNA, dll.

Gambar 01: Teknik Blotting Selatan

Apa itu Northern Blotting?

Northern Blotting adalah metode yang dirancang untuk mendeteksi urutan RNA spesifik atau urutan mRNA dari sampel untuk mempelajari ekspresi gen. Teknik ini dikembangkan oleh Alwine, Kemp, dan Stark pada tahun 1979. Ini berbeda dari teknik sourthern dan western blotting karena beberapa langkah. Namun, teknik ini juga dilakukan melalui elektroforesis gel, blotting, dan hibridisasi dengan probe dan deteksi berlabel spesifik. Teknik blotting utara dilakukan sebagai berikut.

1. RNA diekstraksi dari sampel dan dipisahkan oleh elektroforesis gel.
2. RNA ditransfer dari gel ke membran blotting dan diperbaiki.
3. Membran diobati dengan probe berlabel yang disiapkan dari cDNA atau RNA (probe tersebut saling melengkapi dengan urutan tertentu dalam sampel).
4. Probe diinkubasi dengan membran untuk mengikat dengan urutan tertentu.
5. Probe yang tidak terikat dicuci.
6. Fragmen hibridisasi terdeteksi oleh autoradiograph.

Northern Blotting adalah alat penting dalam deteksi dan kuantifikasi mRNA hibridisasi, mempelajari degradasi RNA, evaluasi waktu paruh RNA, deteksi splicing RNA, mempelajari ekspresi gen, dll.

Gambar 02: Northern Blotting

Apa itu Western blotting?

Western blotting adalah metode mendeteksi protein spesifik dari campuran protein dengan menggunakan antibodi berlabel. Oleh karena itu, Western blot juga dikenal sebagai Immunoblot. Teknik ini diperkenalkan oleh Towbin et al pada tahun 1979 dan sekarang secara rutin dilakukan di laboratorium untuk analisis protein. Langkah adalah sebagai berikut.

1. Protein diekstraksi dari sampel
2. Protein dipisahkan oleh ukurannya menggunakan elektroforesis gel poliakrilamida
3. Molekul terpisah ditransfer ke membran PVDF atau membran nitroselulosa dengan elektroporasi
4. Membran diblokir untuk pengikatan spesifik dengan antibodi
5. Protein yang ditransfer terikat dengan antibodi primer (enzim berlabel antibodi).
6. Membran dicuci untuk menghilangkan antibodi primer yang terikat secara spesifik
7. Antibodi terikat terdeteksi dengan menambahkan substrat dan mendeteksi endapan berwarna terbentuk

Western blotting berguna dalam mendeteksi antibodi anti-HIV dalam sampel serum manusia. Western blot juga dapat digunakan sebagai tes konfirmasi untuk infeksi hepatitis B dan tes definitif untuk penyakit sapi gila.

Gambar 03: Western blotting

Apa perbedaan antara Northern Southern dan Western blotting?

Ringkasan -Northern vs Southern vs Western blotting

Blotting adalah teknik khusus yang dikembangkan untuk identifikasi DNA spesifik, RNA atau protein dari sampel. Ada tiga prosedur blotting terpisah, yaitu utara, selatan dan barat, untuk mendeteksi jenis molekul tertentu. Teknik Blotting Utara dirancang untuk mendeteksi urutan RNA spesifik dari campuran RNA. Teknik blotting selatan memungkinkan deteksi urutan DNA spesifik dari sampel DNA dan teknik blotting barat dikembangkan untuk mengidentifikasi protein spesifik dari campuran protein.

Referensi
1. Gibbons, Janay. “Western blot: Tinjauan Transfer Protein.Jurnal Ilmu Kedokteran Amerika Utara. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, Mar. 2014. Web. 27 Mar. 2017
2. Brown, t. “Southern blotting.Protokol saat ini dalam imunologi. U.S. Perpustakaan Kedokteran Nasional, Mei 2001. Web. 27 Mar. 2017
3. Dia, Shan L. “Northern Blot.”Metode dalam enzimologi. U.S. National Library of Medicine, 2013. Web. 27 Mar. 2017

Gambar milik:
1. "Skema Northern Blot" oleh RNA405 - karya sendiri (domain publik) melalui Commons Wikimedia
2. "Western blot 114a" oleh Amanthabagdon - karya sendiri (domain publik) melalui Commons Wikimedia