Perbedaan antara shRNA dan siRNA

shrna vs siRNA

Selama proses gangguan RNA (RNAi), ekspresi gen target dirobohkan dengan spesifisitas dan selektivitas yang tinggi. RNAi adalah proses alami, dan melibatkan RNA kecil mengganggu (siRNA) dan RNA jepit rambut pendek (shRNA) dan shRNA bi-fungsional. Saat ini, RNAi banyak digunakan sebagai alat untuk terapi kanker yang dipersonalisasi. Aplikasi RNAi pada dasarnya dilakukan dengan siRNA ganda yang disintesis secara kimia dan molekul shRNA berbasis vektor. Meskipun kedua molekul ini memiliki hasil fungsional yang serupa, mereka berbeda dalam strukturnya; Dengan demikian, mekanisme aksi molekuler, jalur RNA, dan efek off-target dari kedua molekul ini juga berbeda.

shrna

Shrna adalah urutan molekul RNA kecil yang membuat belokan jepit rambut yang ketat yang dapat digunakan untuk membungkam ekspresi gen target selama RNAi. Ekspresi shRNA dicapai dengan vektor, yang dapat berupa virus atau bakteri atau dengan pengiriman plasmid. Mereka disintesis dalam nukleus sel dan diangkut ke sitoplasma untuk proses lebih lanjut. Molekul -molekul ini memiliki jalur pematangan miRNA yang serupa; Dengan demikian sintesis miRNA telah memberikan dasar untuk pemahaman sintesis shRNA. Baik RNA polimerase II atau III dapat menyalin shRNA melalui promotor RNA polimerase II atau III. Keuntungan dari penggunaan shRNA adalah bahwa mereka memiliki tingkat degradasi dan omset yang relatif rendah. Kerugiannya adalah ia membutuhkan vektor ekspresi, yang dapat menyebabkan beberapa masalah keamanan.

siRNA

siRNA adalah molekul RNA untai ganda yang terdiri dari 20- 25 pasangan basa. Ini digunakan untuk penekanan gen dengan membungkam gen apa pun dengan urutan nukleotida komplementer di jalur RNAi. Knockdown gen dengan transfeksi siRNA sering tidak berhasil karena efek sementara; Terutama dalam sel yang membelah dengan cepat dan penindasan tidak bertahan lebih lama. Untuk mengatasi masalah ini, siRNA dimodifikasi dengan memperkenalkan struktur jepit rambut pendek. Molekul yang dimodifikasi ini kemudian dikenal sebagai shRNA. shRNA harus dikonversi menjadi siRNA oleh Dicer untuk melanjutkan fungsi normalnya.

Apa perbedaan antara shRNA dan siRNA?

• Berbeda dengan siRNA, shRNA memiliki struktur jepit rambut tambahan. shrna adalah versi siRNA yang dimodifikasi.

• shRNA membutuhkan vektor ekspresi, sedangkan siRNA tidak.

• Shrna dapat digunakan untuk knockdown jangka panjang sementara siRNA hanya dapat digunakan untuk knockdown jangka pendek dari gen.

• Tidak seperti penekanan gen siRNA, penindasan shRNA tahan lama, dan jika dimasukkan melalui vektor virus yang sesuai, itu dapat menghasilkan efek pembungkaman gen permanen.

• Dicer diperlukan untuk mengubah shRNA kembali ke molekul siRNA untuk menjalankan fungsi normalnya.