Perbedaan antara Sybr Green dan Taqman
Perbedaan Utama - Sybr Green vs Taqman
Sybr Green dan Taqman adalah dua metode yang digunakan untuk mendeteksi atau menonton proses amplifikasi PCR real-time. SYBR Green adalah metode berdasarkan interkalasi pewarna pewarnaan asam nukleat sementara taqman adalah metode berdasarkan probe hidrolisis. Kedua teknologi ini dirancang untuk menghasilkan fluoresensi selama PCR, yang memungkinkan mesin PCR real-time untuk memantau reaksi dalam "waktu nyata". Sybr Green Metode dilakukan dengan menggunakan pewarna fluoresen yang disebut SYBR Green dan mendeteksi amplifikasi dengan mengikat pewarna untuk menghasilkan DNA untai ganda. Taqman dilakukan dengan menggunakan probe berlabel ganda dan mendeteksi amplifikasi dengan degradasi probe oleh Taq polimerase dan pelepasan fluorofor. Ini adalah perbedaan utama antara Sybr Green dan Taqman.
ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Sybr Green
3. Apa itu Taqman
4. Perbandingan berdampingan - SYBR Green vs Taqman
5. Ringkasan
Apa itu Sybr Green?
Sybr Green adalah pewarna fluoresen yang digunakan untuk menodai asam nukleat, terutama DNA untai ganda dalam biologi molekuler. Sybr Green Metode digunakan untuk mengukur produk PCR selama PCR real-time. Setelah mengikat dengan DNA, kompleks pewarna DNA yang dihasilkan menyerap cahaya biru dan memancarkan cahaya hijau yang intens. Itu terjadi karena perubahan struktural yang terjadi dalam molekul pewarna saat mengikat dengan DNA untai ganda. Saat PCR menciptakan lebih banyak DNA, lebih banyak molekul pewarna mengikat dengan DNA, menghasilkan lebih banyak fluoresensi. Oleh karena itu, fluoresensi meningkat dengan akumulasi produk PCR. Oleh karena itu, jumlah produk PCR dapat diukur secara kuantitatif dengan deteksi fluoresensi hijau SYBR.
Pewarna hijau sybr juga dapat digunakan untuk pelabelan DNA dalam sitometri dan mikroskop fluorescent. Ethidium bromide telah berhasil digantikan oleh SYBR Green karena Ethidium bromide adalah pewarna karsinogenik dengan masalah pembuangan selama visualisasi DNA dalam elektroforesis gel.
Ada kelebihan dan kekurangan metode SYBR Green. Metode ini sangat sensitif, murah dan mudah digunakan. Namun, karena kemampuannya untuk mengikat DNA untai ganda, pengikatan spesifik dapat menyebabkan kuantifikasi produk PCR secara berlebihan.
Gambar 01: Teknik Sybr Green
Apa itu Taqman?
Taqman adalah metode alternatif untuk SYBR Green untuk memantau proses PCR real-time. Metode ini tergantung pada aktivitas eksonuklease 5 ' - 3' dari enzim Taq polimerase untuk menurunkan probe selama perpanjangan untai baru dan pelepasan fluorofor. Probe berlabel ganda digunakan dalam metode ini dan didasarkan pada hidrolisis probe. Probe diberi label fluoresensi DNA oligonukleotida yang memiliki molekul reporter fluoresen (fluorofor) di ujung 5 'dan molekul quencher di ujung 3'. Mereka dirancang untuk mengikat ke template tunggal yang terdampar di sisi berlawanan dari primer anneals. Taq polimerase menambahkan nukleotida ke primer dan memperluas untaian baru ke arah probe berlabel ganda. Setelah Taq Polymerase memenuhi probe, aksi eksonuklease dari Taq polimerase mengaktifkan dan mendegradasi probe. Setelah menyelesaikan sintesis untai baru, probe mengalami degradasi lengkap dan melepaskan fluorofor. Pelepasan fluorophore menghasilkan fluoresensi. Molekul quencher fluorescent secara efisien memadamkan cahaya yang dipancarkan dan membuat output untuk kuantifikasi produk PCR. Pelepasan fluorofor dan jumlah produk PCR proporsional. Oleh karena itu, kuantifikasi dapat dengan mudah dilakukan dengan metode Taqman.
Gambar 02: Metode Taqman
Metode Taqman digunakan dalam PCR waktu nyata, kuantifikasi ekspresi gen, deteksi polimorfisme genetik, kuantifikasi penghapusan DNA kromosom, identifikasi bakteri, verifikasi analisis microarray, genotipe SNP dll.
Apa perbedaan antara SYBR Green dan Taqman?
Sybr Green vs Taqman | |
| Sybr Green didasarkan pada pewarna pengikat DNA. | Taqman bergantung pada probe hibridisasi dan aktivitas eksonuklease 5 'hingga 3' dari Taq polimerase. |
| Probe berlabel fluoresensi | |
| Tidak diperlukan probe berlabel fluoresensi. | Diperlukan probe berlabel ganda. |
| Analisis Gen Multiplex | |
| Itu tidak dapat digunakan untuk target gen multipleks. | Itu dapat digunakan untuk target gen multipleks. |
| Biaya | |
| Ini lebih murah. | Ini lebih mahal. |
| Kekhususan | |
| Ini kurang spesifik dan berikatan dengan DNA untai ganda | Ini sangat spesifik karena probe mendeteksi produk amplifikasi spesifik. |
| Efektivitas | |
| Ini kurang efektif. | Ini sangat efektif. |
| Aplikasi | |
| Ini digunakan dalam PCR real-time, visualisasi gel agarosa, pelabelan DNA dll. | Ini digunakan dalam PCR waktu nyata, kuantifikasi ekspresi gen, deteksi polimorfisme genetik, dll. |
Ringkasan -Sybr Green dan Taqman
Taqman dan Sybr Green adalah dua metode yang digunakan dalam PCR real-time (PCR kuantitatif). Kedua metode memungkinkan kuantifikasi produk PCR secara efisien dan bergantung pada emisi fluoresensi. Metode Taqman menggunakan probe berlabel ganda untuk mendeteksi DNA yang terakumulasi sementara metode SYBR Green menggunakan pewarna fluoresen. Kedua metode ini juga memiliki aplikasi yang berbeda dalam biologi molekuler.
Referensi:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour, dan Shaghayegh Haghjooy Javanmard. “Perbandingan Metode SYBR Green dan Taqman dalam Analisis Reaksi Rantai Polimerase Real-Time Kuantitatif dari Empat Subtipe Reseptor Adenosin.”Penelitian Biomedis Tingkat Lanjut. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 Mar. 2017.
2. “Prinsip-prinsip dasar PCR real-time.”Real Time PCR, Kuantitatif (QPCR), Primer & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.P., N.D. Web. 13 Mar. 2017.
3. “Sybr Green dan pewarna PCR real-time lainnya.“BioCompare. N.P., 05 Apr. 2010. Web. 14 Mar. 2017
Gambar milik:
1. "PCR dengan Sybr Green" oleh -ygonar 23:09, 7 Maret 2006 (UTC) -Ini adalah grafik yang dibuat oleh Ygonar dengan Power Point, CC BY -SA 3.0, https: // commons.Wikimedia.org/w/indeks.php?curid = 619528
2. "Taqman" oleh pengguna: Braindamaged - pekerjaan sendiri (domain publik) melalui commons wikimedia
