Perbedaan antara UPGMA dan tetangga bergabung dengan pohon

Itu perbedaan utama Antara UPGMA dan Pohon Bergabung Tetangga adalah jenis pohon filogenetik yang dihasilkan dari masing -masing metode. UPGMA adalah teknik membangun pohon filogenetik yang berakar sementara pohon yang bergabung dengan tetangga adalah teknik membangun pohon filogenetik yang tidak root.

Pohon filogenetik adalah diagram seperti pohon yang menunjukkan hubungan evolusi antara organisme. Pohon filogenetik dapat memiliki topologi yang berbeda tergantung pada teknik yang digunakan untuk konstruksi pohon. UPGMA dan tetangga yang bergabung dengan pohon adalah dua metode utama yang membangun pohon filogenetik.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu upgma 
3. Apa itu tetangga bergabung dengan pohon
4. Kesamaan antara UPGMA dan tetangga bergabung dengan pohon
5. Perbandingan berdampingan - UPGMA vs tetangga bergabung dengan pohon dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu upgma?

Dalam bioinformatika, ada teknik pengelompokan yang berbeda. UPGMA adalah singkatan dari Metode kelompok pasangan yang tidak tertimbang dan rata -rata aritmatika. Ini adalah metode pengelompokan hierarkis. Metode ini diperkenalkan oleh Sokal dan Michener. Ini adalah teknik tercepat yang mengembangkan pohon filogenetik. Pohon filogenetik yang dihasilkan adalah pohon filogenetik yang berakar dengan leluhur yang sama.

Saat menggambar pohon filogenetik menggunakan metode UPGMA, ia menganggap laju evolusioner sama untuk semua garis keturunan. Dengan demikian, ini adalah asumsi penting yang dibuat dalam teknik UPGMA. Namun, ini juga merupakan kelemahan utama dari teknik ini karena laju mutasi tidak dipertimbangkan selama pembangunan pohon. Sebaliknya, ia mengasumsikan laju mutasi sebagai konstan. Selanjutnya, hipotesis ini disebut sebagai "hipotesis jam molekuler". Oleh karena itu, dalam konteks nyata, pohon filogenetik yang dibangun dari metode UPGMA mungkin tidak akurat dan dapat diandalkan.

Gambar 01: Pohon filogenetik yang diambil dari UPGMA

Metode UPGMA mempertimbangkan jarak-pair-wise untuk menghasilkan pohon filogenetik. Awalnya, setiap spesies adalah cluster, dan dua kelompok seperti itu dengan jarak evolusi terkecil membentuk pasangan. Oleh karena itu, itu tergantung pada matriks jarak. Ekspresi algoritma memainkan peran utama dalam menafsirkan data pohon filogenetik yang ditarik menggunakan metode UPGMA.

Apa itu tetangga bergabung dengan pohon?

Neighbor gointing tree adalah teknik pengelompokan lain yang digunakan untuk menghasilkan pohon filogenetik. Naruya Saitou dan Masatoshi Nei adalah pelopor dalam memperkenalkan metode ini. Teknik ini menghasilkan pohon yang tidak root, tidak seperti UPGMA. Selain itu, pengelompokan dalam metode ini tidak bergantung pada jarak ultrametrik. Namun, ia mempertimbangkan variasi laju evolusi saat membangun pohon filogenetik. Dengan demikian, ada variasi di pohon yang ditarik menggunakan teknik ini. Oleh karena itu, metode ini menggunakan algoritma matematika khusus untuk menilai variasi tersebut.

Gambar 02: Pohon filogenetik yang diambil dari metode gabungan tetangga

Saat membangun pohon, metode ini mempertimbangkan jarak antara setiap garis keturunan secara terpisah. Setiap garis keturunan bergabung dengan simpul yang baru dibangun di pohon. Semua node ini bergabung dengan node pusat. Oleh karena itu, ketika simpul baru muncul, jarak dari simpul pusat ke simpul baru adalah penting dan dihitung menggunakan algoritma. Data algoritmik ini memutuskan penempatan simpul baru.

Apa kesamaan antara UPGMA dan tetangga bergabung dengan pohon?

• Kedua metode menggunakan teknik pengelompokan saat membangun pohon filogenetik.
• Selain itu, kedua metode memerlukan penggunaan algoritma matematika untuk menafsirkan pohon filogenetik.
• Data urutan DNA memainkan peran penting dalam kedua metode.
• Kedua metode menghasilkan metode pengelompokan bottom-up.
• Selain itu, analisis set data besar dimungkinkan dengan menggunakan kedua teknik.
• Analisis data statistik dapat diterapkan untuk kedua jenis pohon menggunakan metode bootstrap.
• Keduanya memainkan peran penting dalam klasifikasi dan identifikasi organisme.
• Selain itu, kedua metode memberikan data tentang hubungan evolusi organisme.

Apa perbedaan antara UPGMA dan tetangga bergabung dengan pohon?

Perbedaan utama antara UPGMA dan tetangga yang bergabung dengan pohon bergantung pada jenis pohon yang dibangun. Jadi, UPGMA menghasilkan pohon yang berakar sementara tetangga bergabung dengan pohon menghasilkan pohon yang tidak root. Selain itu, UPGMA adalah metode yang kurang dapat diandalkan sementara tetangga bergabung dengan pohon adalah metode yang dapat diandalkan daripada UPGMA. Jadi, ini adalah perbedaan lain antara UPGMA dan tetangga bergabung dengan pohon.

Info-grafik di bawah ini merangkum perbedaan antara UPGMA dan tetangga bergabung dengan pohon.

Ringkasan -Upgma vs Neighbor bergabung dengan pohon

UPGMA dan tetangga bergabung dengan metode pohon adalah dua teknik yang penting selama pembangunan pohon filogenetik. Sementara metode UPGMA tidak mempertimbangkan tingkat evolusi, metode penggabungan tetangga menganggapnya selama konstruksi pohon. Dengan demikian, kompleksitas dan keandalan pohon filogenetik yang dihasilkan dari metode pohon NJ tinggi. Namun, tidak secepat metode UPGMA. Selain itu, perbedaan utama antara UPGMA dan tetangga yang bergabung dengan pohon bergantung pada jenis pohon yang dihasilkan dari masing -masing teknik. UPGMA menghasilkan pohon filogenetik yang berakar sementara tetangga bergabung dengan metode pohon menghasilkan pohon filogenetik yang tidak root.

Referensi:

1. Pavlopoulos, Georgios A, dkk. “Panduan Referensi untuk Analisis dan Visualisasi Pohon."Biodata Mining, Biomed Central, 22 Feb. 2010, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. “CCDC138 Rooted Phylogeny Tree” oleh Kokxx012 di Wikipedia Inggris (CC BY-SA 3.0) Via Commons Wikimedia
2. "Gambar 5" oleh Plos One Phylogeny (CC dengan 2.0) Via Flickr