Apa perbedaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix

Itu perbedaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah bahwa helix-loop-helix memediasi dimerisasi protein sementara helix-turn-helix mengatur ekspresi gen melalui pengikatan DNA.

Motif protein adalah urutan pendek yang terkait dengan fungsi DNA yang berbeda. Ini terutama terkait dengan situs struktural khusus dengan fungsi kimia atau biologis yang unik. Motif ini mengandung daerah kecil dari struktur tiga dimensi asam amino dengan molekul protein yang berbeda. Biasanya, motif individu hanya berisi beberapa elemen. Helix-loop-helix dan helix-turn-helix berisi tiga elemen. Motif struktur protein mereka termasuk loop dengan panjang yang bervariasi dan struktur yang tidak ditentukan.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu helix-loop-helix 
3. Apa itu helix-turn-helix
4. Kesamaan-helix-loop-helix dan helix-turn-helix
5. Helix-loop-helix vs helix-turn-helix dalam bentuk tabel
6. Ringkasan-helix-loop-helix vs helix-turn-helix

Apa itu helix-loop-helix?

Helix-loop-helix (HLH) adalah motif struktural protein yang mendefinisikan salah satu keluarga terbesar dari faktor transkripsi yang dimerisasi. Faktor -faktor transkripsi ini mengandung residu asam amino untuk memfasilitasi mekanisme pengikatan DNA, dan mereka Dimerik. Motif struktur protein mengandung dua heliks α, dan mereka dihubungkan dengan loop. Satu heliks tampak lebih kecil dari dua heliks, dan fleksibilitas loop memungkinkan dimerisasi dengan mengepak dan melipat pada helix lain. Helix yang tampak lebih besar biasanya mengandung daerah pengikat DNA. Protein HLH berikatan dengan urutan konsensus yang dikenal sebagai e-box. Urutan konsensus adalah urutan yang dihitung yang mengandung residu nukleotida atau asam amino. E-box adalah elemen yang menanggapi DNA dalam beberapa eukariota yang bertindak sebagai situs pengikatan protein dan mengatur ekspresi gen.

Gambar 01: motif helix-loop-helix

Faktor transkripsi HLH sangat penting untuk pengembangan dan aktivitas sel. Protein HLH terutama milik enam kelompok, yang ditunjukkan dari huruf A ke f. Faktor transkripsi yang termasuk dalam setiap kelompok adalah:

Grup A: MyoD, MYF5, Beta2/Neurod1, SCL, P-CAMK, Neurod, dan Neurogenins,

Grup B: Max, C-Myc, N-Myc, dan TCF4

Grup C: AHR, BMAL-1-Clock, HIF, NPAS1, NPAS3, dan MOP5

Grup D; EMC

Grup E: Hey1 dan Hey2

Grup F: EBF1

Karena sebagian besar faktor transkripsi HLH heterodimerik, dimerisasi sering mengaturnya.

Apa itu helix-turn-helix?

Helix-turn-helix (HTH) adalah motif struktur protein yang mampu mengikat DNA. Setiap monomer diatur dengan dua heliks α dan bergabung dengan untai asam amino pendek. Ini berikatan dengan alur di heliks DNA. Motif HTH biasanya mengatur ekspresi gen. Pengakuan HTH dan Ikatan dengan DNA dilakukan oleh dua heliks α. Satu helix menempati ujung N-terminal sementara yang lain berada di C-terminalus. Dalam sebagian besar skenario, helix melakukan pengakuan DNA. Oleh karena itu, ini dikenal sebagai helix pengakuan. Ikatan dengan alur dalam DNA terjadi melalui serangkaian interaksi van der Waals dan ikatan hidrogen dengan basa terpapar. Α-helix lainnya menstabilkan interaksi protein dan DNA dan tidak memainkan peran utama dalam pengakuan. Namun, helix pengakuan dan helix yang tersisa memiliki orientasi yang sama.

Gambar 02: helix-turn-helix dari keluarga tetr

HTH diklasifikasikan sesuai dengan struktur dan pengaturan spasial heliks. Tipe utamanya adalah hth di helikal, tri-helikal, tetra-helikal, dan bersayap. Tipe Di-Helical adalah tipe paling sederhana dengan dua heliks dan domain protein lipat independen. Tipe tri-helikal ditemukan dalam aktivator transkripsi MyB. Jenis tetra-heliks memiliki helix C-terminal tambahan. Akhirnya, HTH bersayap dibentuk oleh bundel 3- heliks dan lembar beta 3 atau 4 untai.

Apa kesamaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix?

• Helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah motif struktural protein.
• Keduanya mengandung penyebut umum dalam faktor transkripsi basal dan spesifik.
• Mereka hadir dalam eukariota.

Apa perbedaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix?

Helix-loop-helix memediasi dimerisasi protein, sedangkan helix-turn-helix mengatur ekspresi gen melalui pengikatan DNA. Dengan demikian, ini adalah perbedaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix. Selain itu, HLH mengandung proto-onkogen dan gen tertentu yang terlibat dalam diferensiasi faktor transkripsi sementara HTH mengandung banyak gen homeotik yang kode untuk faktor transkripsi. Selain itu, helix-loop-helix terutama terdiri dari alpha-helice yang bergabung dengan loop, sedangkan helix-turn-helix terutama terdiri dari loop yang bergabung dengan dudukan asam amino pendek yang membentuk alur.

Infografis di bawah ini menyajikan perbedaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.

Ringkasan-helix-loop-helix vs helix-turn-helix

Motif protein adalah urutan pendek yang terkait dengan fungsi DNA yang berbeda. Helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah dua jenis motif struktur protein. Perbedaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah bahwa helix-loop-helix memediasi dimerisasi protein, sedangkan helix-turn-helix mengatur ekspresi gen melalui pengikatan DNA. HLH adalah motif struktural protein yang mendefinisikan salah satu keluarga terbesar dari faktor transkripsi yang dimerisasi. Motif struktur protein mengandung dua heliks α, dan mereka dihubungkan dengan loop. HTH adalah motif struktur protein yang mampu mengikat DNA. Setiap monomer diatur dengan dua heliks α, dan bergabung dengan untai asam amino pendek dan berikatan dengan alur dalam heliks DNA. Jadi, ini merangkum perbedaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix.

Referensi:

1. “Helix-loop-helix dasar."Tinjauan umum | Topik ScienceDirect.
2. “Helix-Turn-Helix."Tinjauan umum | Topik ScienceDirect.

Gambar milik:

1. "Helix Helix Basic" oleh I, Splette (CC BY-SA 3.0) Via Commons Wikimedia
2. “HTH alignment of 3 TetR family members” By Gabbiochem - using PyMol based on PDB: 5DY0 deposited by Palanca & Rubio, PDB: 3VIB deposited by Kumaraswami, Shafer, “Brennan, and PDB: 3ZQL deposited by Le, Schumacher, Lawson, Brennan ”; Buttner (CC dengan 3.0) Via Commons Wikimedia