Apa perbedaan antara retrotransposon LTR dan non-LTR

Itu perbedaan utama Antara retrotransposon LTR dan non-LTR adalah bahwa retrotransposon LTR adalah jenis retrotransposon yang memiliki pengulangan terminal panjang dalam strukturnya, sedangkan retrotransposon non-LTR adalah jenis retrotransposon yang tidak memiliki pengulangan terminal panjang dalam strukturnya.

Retrotransposon (elemen transposable kelas I atau transposon melalui intermediet RNA) adalah jenis komponen genetik yang dapat menyalin dan menempelkan diri ke lokasi genomik yang berbeda. Mereka melakukan ini dengan mengubah RNA kembali menjadi DNA melalui proses yang disebut transkripsi terbalik menggunakan transposisi RNA menengah. Ada dua jenis retrotransposon utama sebagai retrotransposon LTR dan non-LTR

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa retrotransposon LTR
3. Apa retrotransposon non-ltr
4. Kesamaan - retrotransposon LTR dan non -LTR
5. Ltr vs retrotransposon non-ltr dalam bentuk tabel
6. Ringkasan - LTR vs Retrotransposon Non -LTR

Apa retrotransposon LTR?

Retrotransposon LTR adalah jenis retrotransposon yang memiliki pengulangan terminal panjang dalam strukturnya. Helai panjang DNA berulang dapat ditemukan di setiap ujung retrotransposon LTR. Ini dikenal sebagai pengulangan terminal panjang (LTR). Setiap LTR panjang beberapa ratus pangkalan. Retrotransposon LTR biasanya lebih dari 5 kilobase. Selain itu, antara pengulangan terminal panjang, ada gen yang dapat ditranskripsi setara dengan gen retrovirus muntah Dan Pol. Gen -gen ini tumpang tindih sehingga mereka menyandikan protease yang biasanya memproses transkrip yang dihasilkan menjadi produk gen fungsional.

Gambar 01: retrotransposon LTR

Muntah gen retrotransposon membuat produk yang terkait dengan transkrip retrotransposon lainnya untuk membentuk partikel seperti virus. Pol Gen membuat produk yang mencakup enzim seperti reverse transcriptase, integrase, dan domain ribonuclease h. Enzim transkriptase terbalik melakukan transkripsi balik DNA retrotransposon. Enzim integrase mengintegrasikan DNA retrotransposon ke dalam DNA genom eukariotik. Domain H ribonuclease sangat membantu dalam membelah ikatan fosfodiester antara perantara RNA. Retrotransposon LTR juga menyandikan transkrip dengan situs pengikatan tRNA sehingga mereka dapat menjalani transkripsi terbalik dengan cukup mudah. Selain itu, karena retrotransposon mengandung informasi genom eukariotik, ia dapat memasukkan salinan dirinya ke lokasi genom lainnya dalam sel eukariotik.

Apa retrotransposon non-ltr?

Retrotransposon non-LTR adalah jenis retrotransposon yang tidak memiliki pengulangan terminal panjang dalam strukturnya. Seperti retrotransposon LTR, retrotransposon non-LTR juga mengandung gen untuk reverse transcriptase, protein pengikat RNA, nuklease, dan kadang-kadang domain H ribonuclease H. Tetapi mereka tidak memiliki pengulangan terminal panjang; Sebaliknya, mereka memiliki pengulangan singkat yang dapat memiliki urutan basis terbalik di sebelah. Protein pengikat RNA berikatan dengan transposisi RNA menengah, dan nuklease memecah ikatan fosfodiester antara nukleotida dalam asam nukleat.

Gambar 02: Retrotransposon LTR dan Non-LTR

Meskipun mereka adalah retrotransposon, mereka tidak dapat melakukan transkripsi terbalik menggunakan perantara RNA dengan cara yang sama seperti retrotransposon LTR. Ini karena retrotransposon non-LTR tidak mengandung urutan yang mengikat tRNA. Oleh karena itu, retrotransposon non-LTR ditranskripsikan ke dalam mRNA dan diterjemahkan ke dalam protein bertindak sebagai reverse transcriptase. Reverse transcriptase membuat salinan DNA dari RNA retrotransposon non-LTR yang dapat diintegrasikan ke dalam genom di situs baru. Selain itu, retrotransposon non-LTR terbagi dalam dua jenis: garis (elemen nuklir panjang diselingi) dan SINE (elemen nuklir pendek diselingi).

Apa kesamaan antara retrotransposon LTR dan non-LTR?

• Retrotransposon LTR dan Non-LTR adalah dua jenis utama retrotransposon.
• Kedua jenis itu mengandung gen untuk enzim seperti reverse transcriptase, protein pengikat RNA, nuklease, dan domain ribonuklease H.
• Mereka dapat ditemukan di genom manusia.
• Kedua jenis itu penting evolusioner.

Apa perbedaan antara retrotransposon LTR dan non-LTR?

Retrotransposon LTR memiliki pengulangan terminal panjang dalam strukturnya, sedangkan retrotransposon non-LTR tidak memiliki pengulangan terminal panjang dalam strukturnya. Dengan demikian, ini adalah perbedaan utama antara retrotransposon LTR dan non-LTR. Selain itu, retrotransposon LTR memiliki pengulangan langsung yang panjang yang hanya satu urutan basis yang mengulangi diri mereka sendiri. Di sisi lain, retrotransposon non-LTR memiliki pengulangan singkat yang dapat memiliki urutan basis terbalik di sebelah satu sama lain.

Infografis di bawah ini menyajikan perbedaan antara retrotransposon LTR dan non-LTR dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.

Ringkasan -LTR vs Retrotransposon Non -LTR

Retrotransposon LTR dan Non-LTR adalah dua jenis utama retrotransposon. Retrotransposon LTR memiliki pengulangan terminal panjang dalam strukturnya, sedangkan retrotransposon non-LTR tidak memiliki pengulangan terminal panjang dalam strukturnya. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara retrotransposon LTR dan non-LTR.

Referensi:

1. Havecker, Ericka R, dkk. “Keragaman retrotransposon LTR - biologi genom.”Biomed Central, Biomed Central, 18 Mei 2004.
2. Han, Jeffrey S. “Retrotransposon Terminal Non-Long Terminal (Non-LTR): Mekanisme, Perkembangan Terbaru, dan Pertanyaan yang Tidak Dijawab-DNA Seluler.“Biomed Central, Biomed Central, 12 Mei 2010.

Gambar milik:

1. "LTR Retrotransposon" oleh Mariuswalter - karya sendiri (CC BY -SA 4.0) Via Commons Wikimedia
2. "Komponen Genom Manusia" oleh Alglascock - karya sendiri (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia