Perbedaan antara AFLP dan RFLP

Perbedaan utama - AFLP vs RFLP
 

Studi DNA memiliki sangat penting dalam memahami dan menentukan hubungan filogenetik, mendiagnosis penyakit genetik dan memetakan genom organisme. Beberapa teknik yang terkait dengan analisis DNA juga digunakan untuk identifikasi gen tertentu atau urutan DNA dalam kumpulan DNA yang tidak diketahui. Mereka dikenal sebagai penanda molekuler. Polimorfisme panjang fragmen yang diperkuat (AFLP) dan Polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP) adalah dua penanda molekuler (metode) yang dikembangkan dalam biologi molekuler untuk mendeteksi variasi genetik antar organisme. Kedua metode itu sama pentingnya dan memiliki kelebihan dan kekurangan. Perbedaan utama antara AFLP dan RFLP adalah itu AFLP melibatkan amplifikasi PCR selektif dari DNA yang dicerna sedangkan RFLP tidak melibatkan amplifikasi PCR selektif dari fragmen DNA.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu aflp
3. Apa itu RFLP
4. Perbandingan berdampingan - AFLP vs RFLP
5. Ringkasan

Apa itu aflp?

AFLP (Polimorfisme Panjang Fragmen yang Diamplifikasi) adalah alat penting dalam biologi molekuler dan secara luas digunakan dalam analisis variasi genetik. AFLP didasarkan pada amplifikasi PCR spesifik dari DNA genom yang terfragmentasi dan deteksi polimorfisme dengan autoradiografi melalui elektroforesis gel. AFLP banyak berkontribusi untuk mengidentifikasi perbedaan genetik dalam strain atau spesies yang terkait erat dari berbagai kerajaan termasuk tanaman, hewan, bakteri dan jamur. AFLP dapat dilakukan dengan sejumlah kecil sampel DNA yang tidak diketahui. Itu tidak memerlukan pengetahuan urutan sebelumnya dan merancang probe.

Langkah AFLP

1. Isolasi DNA
2. Pencernaan DNA dengan restriksi endonucleases
3. Ligasi fragmen DNA terbatas dengan adaptor
4. Amplifikasi selektif dari fragmen dengan situs pembatasan spesifik
5. Pemisahan produk PCR dengan elektroforesis gel
6. Visualisasi matriks gel dengan autoradiograph

AFLP adalah metode yang lebih sensitif dan dapat direproduksi yang dapat digunakan dalam profil DNA dari beberapa taksa termasuk jamur, bakteri, tanaman dan hewan tanpa pengetahuan sebelumnya tentang sekuens DNA. Ini membantu dalam mengidentifikasi sedikit perbedaan di antara individu dalam populasi karena sifatnya yang sangat sensitif. AFLP juga penting dalam pemetaan genom, studi forensik, pengujian orang tua, genotipe, dll.

Gambar 01: AFLP

Apa itu RFLP?

Polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP) adalah teknik yang digunakan untuk mendeteksi variasi genetik dalam sekuens DNA homolog. Ini adalah metode pertama yang dikembangkan untuk profil DNA. Organisme memiliki sidik jari DNA yang unik atau profil DNA. RFLP berfungsi sebagai alat penting untuk menganalisis variasi antara profil DNA organisme intraspesifik atau terkait erat karena urutan homolog memiliki situs pembatasan (lokasi) yang berbeda yang unik untuk organisme tertentu. Ketika DNA homolog dicerna dengan endonuklease pembatasan spesifik, itu akan menghasilkan profil DNA yang berbeda yang unik untuk masing -masing individu. Oleh karena itu, utama dari metode ini adalah deteksi variasi genetik di antara organisme dengan membatasi DNA homolog dengan enzim restriksi spesifik dan analisis polimorfisme panjang fragmen melalui elektroforesis gel dan blotting. Pola blotting unik untuk setiap organisme dan mengkarakterisasi genotipe spesifik.

Langkah RFLP

1. Isolasi jumlah DNA yang cukup dari sampel
2. Fragmentasi sampel DNA dengan endonuklease pembatasan spesifik menjadi urutan pendek
3. Pemisahan fragmen yang dihasilkan dengan panjang yang berbeda dengan elektroforesis gel agarosa.
4. Transfer profil gel ke dalam membran oleh Southern blotting

5. Hibridisasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang fragmen di setiap profil

RFLP adalah teknik yang sangat penting dalam mendeteksi warisan penyakit dan menemukan risiko kejadian penyakit di antara anggota keluarga. RFLP juga sering digunakan dalam pemetaan genom, mengidentifikasi penjahat dalam forensik, pengujian ayah, dll. RFLP memiliki beberapa keterbatasan juga. RFLP membutuhkan pengetahuan sebelumnya tentang data urutan untuk merancang probe untuk hibridisasi. Ini juga membutuhkan isolasi jumlah DNA yang cukup dari sampel untuk dianalisis, yang sulit dalam studi forensik.

Gambar 01: Pemetaan RRFLP

Apa perbedaan antara AFLP dan RFLP?

Ringkasan -AFLP vs RFLP

AFLP dan RFLP adalah dua teknik yang digunakan sebagai penanda genetik untuk evaluasi keragaman dan penilaian hubungan genetik dalam biologi molekuler. AFLP berfungsi sebagai metode yang efisien dan sensitif untuk mendeteksi polimorfisme genetik antara organisme daripada RFLP. Namun, meskipun kedua metode ini memiliki efisiensi yang berbeda dalam mendeteksi variasi genetik, mereka masih digunakan untuk sidik jari DNA dan diagnosis penyakit.

Referensi:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza JR. Cláudio l., dan anete hal. De Souza. “Perbandingan penanda RAPD, RFLP, AFLP, dan SSR untuk studi keanekaragaman di jalur bawaan jagung tropis.”Genetika dan Biologi Molekuler. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 Mar. 2017
2. “Polimorfisme Panjang Fragmen Pembatasan (RFLP)."Informasi Nasional untuk Informasi Bioteknologi. U.S. Perpustakaan Kedokteran Nasional, N.D. Web. 19 Mar. 2017
3. Masiga d. K. dan Turner c. M. (2004). “Analisis Polimorfisme Panjang Fragmen (AFLP) yang diamplifikasi (pembatasan)”. Metode Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19 Mar. 2017

Gambar milik:
1. "ALFP" oleh Barbarossa di Dutch Wikipedia - ditransfer dari NL.Wikipedia ke Commons. (Domain publik) via commons wikimedia
2. “Pemetaan RFLP” oleh Retama - Karya Sendiri (GFDL) via Commons Wikimedia