Perbedaan antara ligasi ujung tumpul dan lengket
Perbedaan Utama - Ligasi Akhir Sticky Vs
Pembatasan endonuklease adalah enzim spesifik yang memotong DNA untai ganda (dsDNA). Mereka juga dikenal sebagai gunting molekuler dalam biologi molekuler. Enzim restriksi mampu mengenali urutan pendek spesifik dsDNA yang dikenal sebagai situs pengakuan dan membelah ikatan fosfodiester dan hidrogen untuk membuka untaian ganda. Sebagai hasil dari pembelahan oleh enzim ini, fragmen DNA diproduksi dengan berbagai jenis ujung seperti ujung lengket dan ujung tumpul. Ligase DNA adalah enzim yang digunakan dalam biologi molekuler untuk bergabung dengan dua untai DNA yang berdekatan dengan membentuk ikatan baru. Langkah ini dikenal sebagai ligasi dan sesuai dengan jenis ujung DNA yang diikat, mereka dapat disebut sebagai ligasi ujung tumpul dan ligasi ujung lengket. Perbedaan utama antara ligasi ujung tumpul dan lengket adalah itu Ligasi ujung tumpul terjadi antara fragmen DNA yang mengandung dua ujung tumpul sedangkan Ligasi ujung lengket terjadi antara 5 'dan 3' overhang. Dibandingkan dengan ligasi ujung tumpul, ligasi ujung lengket lebih efisien dan stabil.
ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu ligasi ujung tumpul
3. Apa itu ligasi akhir yang lengket
4. Perbandingan Berdampingan - Ligasi Akhir Sticky
5. Ringkasan
Apa itu ligasi ujung tumpul?
Beberapa endonuklease pembatasan dapat memotong DNA pada basis yang berlawanan dan menghasilkan fragmen DNA ujung tumpul. Enzim ini dikenal sebagai pemotong ujung tumpul; Mereka membelah lurus ke tengah situs pembatasan tanpa meninggalkan pangkalan yang menjorok tunggal. Ujung tumpul juga dikenal sebagai ujung yang tidak overhanging karena mereka tidak memiliki pangkalan 3 'dan 5' yang menggantung di ujungnya. Kedua untaian berakhir dari pasangan basa di ujung tumpul. Enzim pemotongan ujung tumpul umum adalah Ecorv Haeiii, Alui dan Smai.
Ligasi ujung tumpul terlibat di antara dua ujung tumpul. Ini bukan ligasi pangkalan yang menonjol. Ligasi ini kurang efisien daripada ligasi akhir yang lengket. Namun, dalam beberapa kesempatan, ligasi ujung tumpul menjadi lebih menguntungkan daripada ligasi akhir yang lengket, terutama saat mengikat produk PCR. Produk PCR selalu diproduksi dengan ujung tumpul. Ligasi ujung tumpul tidak memerlukan tujuan pelengkap dalam DNA untuk ligasi.
Gambar 01: Produksi ujung tumpul oleh enzim Eco RV
Apa itu ligasi akhir yang lengket?
Beberapa pembatasan endonuklease mampu memotong dsDNA, meninggalkan sepotong DNA untai tunggal yang menggantung di ujungnya. Ujung -ujung ini dikenal sebagai ujung lengket atau menggantung. Ligasi ujung lengket terjadi antara dua fragmen DNA yang mengandung overhang yang cocok karena ujung lengket dimiliki dengan basis tidak berpasangan dan membutuhkan basis komplementer untuk membentuk ikatan. Oleh karena itu, perlu menggunakan enzim restriksi yang sama untuk kedua sumber DNA untuk menghasilkan fragmen ligating yang cocok.
Ligasi akhir lengket lebih efisien dan seringkali sangat diinginkan dalam proses kloning. Ada beberapa enzim pembatasan yang menghasilkan ujung yang lengket. Mereka Ecori, Bamhi, Hindiii dll.
Gambar 02: Produksi akhir lengket oleh enzim Eco RI
Apa perbedaan antara ligasi ujung tumpul dan lengket?
Ligasi Akhir Blunt vs Sticky | |
| Ligasi ujung tumpul terjadi antara dua fragmen DNA ujung tumpul. | Ligasi ujung lengket terjadi di antara dua fragmen DNA yang cocok dengan ujung lengket. |
| Enzim | |
| Pemotong ujung tumpul menghasilkan ujung tumpul. | Pemotong ujung lengket menghasilkan ujung lengket atau kohesif. |
| Persyaratan akhir yang cocok | |
| Itu tidak memerlukan fragmen yang cocok atau basis pelengkap. | Itu membutuhkan basis pelengkap di ujung untuk membentuk pasangan basa. |
| Efisiensi | |
| Ini kurang efisien dari ligasi akhir yang lengket | Itu lebih efisien daripada ligasi ujung tumpul. |
Ringkasan -Ligasi Akhir Sticky Vs
Pembatasan endonuklease mampu memecah dsDNA dan menghasilkan fragmen DNA dengan ujung yang berbeda. Mereka mengenali urutan spesifik dan membatasi DNA yang membuat ujung lengket dan tumpul. Ujung lengket memiliki pangkalan yang tidak berpasangan di ujung fragmen. Ujung tumpul diciptakan karena belahan dada lurus dan mereka memiliki pasangan basa di ujungnya. Ligasi ujung lengket membutuhkan dua potongan DNA untai tunggal saling melengkapi. Ligasi ujung tumpul terjadi di antara dua fragmen ujung tumpul. Inilah perbedaan antara ligasi tumpul dan lengket.
Referensi:
1. Roberts, Richard J. “Bagaimana Enzim Pembatasan Menjadi Workhorses of Molecular Biology."Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional. Ilmu Acad Nasional, N.D. Web. 12 Apr. 2017
2. Adnan, Amna. Penggunaan enzim pembatasan dalam bioteknologi. N.P., N.D. Web. 12 Apr. 2017
Gambar milik:
1. “Situs Pembatasan ECORV.RSH ”oleh Ramin Herati - Dibuat dengan Inkscape (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia
2. “Pembatasan Enzim Eco Ri” oleh Tinastella - Karya Sendiri (Domain Publik) Via Commons Wikimedia
