Perbedaan antara cDNA dan perpustakaan genomik

Perbedaan utama - cDNA vs perpustakaan genomik
 

Ada dua jenis utama perpustakaan DNA yang dibangun oleh para ilmuwan yang menggunakan teknik rekayasa genetika. Itu adalah perpustakaan cDNA dan perpustakaan genomik. Itu perbedaan utama antara cDNA dan perpustakaan genomik adalah itu Perpustakaan cDNA berisi DNA komplementer kloning mRNA total organisme sedangkan perpustakaan DNA genom berisi fragmen kloning dari seluruh genom suatu organisme. Perpustakaan DNA genom lebih besar dari perpustakaan cDNA.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Perpustakaan CDNA
3. Apa itu Perpustakaan Genomik
4. Perbandingan Berdampingan - CDNA vs Genomic Library
5. Ringkasan

Apa itu perpustakaan genomik?

Perpustakaan DNA genomik adalah kumpulan klon yang bertuliskan fragmen DNA genom total suatu organisme. Ini berisi seluruh DNA genom dari organisme itu, termasuk urutan pengkodean dan nonkode. Konstruksi perpustakaan genomik dilakukan oleh teknologi DNA rekombinan diikuti dengan kloning (rekayasa genetika). Ada berbagai langkah yang terlibat dalam konstruksi seperti yang ditunjukkan pada Gambar 01. Prosesnya dimulai dengan isolasi DNA genomik. Menggunakan protokol ekstraksi DNA yang sesuai, DNA genom total suatu organisme harus diisolasi. Maka DNA harus dikonversi menjadi ukuran yang dapat dikelola atau menjadi fragmen spesifik dengan restriksi endonucleases (enzim pemotongan DNA). DNA yang terfragmentasi harus dimasukkan ke dalam vektor menggunakan ligase DNA (enzim yang bergabung dengan DNA). Vektor adalah organisme yang mereplikasi diri. Plasmid dan bakteriofag biasanya digunakan vektor dalam teknologi DNA rekombinan. Vektor yang diikat ini dikenal sebagai molekul DNA rekombinan karena mereka membawa kedua urutan DNA sendiri. Vektor rekombinan ditambahkan ke bakteri inang dan dibuat untuk mengajukan vektor rekombinan di dalam sel bakteri. Bakteri dengan vektor rekombinan (plasmid) harus ditanam dalam media kultur. Selama penggandaan bakteri, DNA bakteri, bersama dengan plasmid rekombinan, mereplikasi genomnya dan menghasilkan klon. Klon ini mengandung seluruh genom organisme sumber. Oleh karena itu, itu disebut perpustakaan genomik. Plasmid dapat dengan mudah dipisahkan dari DNA kromosom bakteri untuk membangun perpustakaan genom dari organisme itu. Jika organisme tertentu mengandung gen yang berkepentingan, mudah untuk mendeteksinya di pustaka genom dengan hibridisasi menggunakan probe molekuler (penanda).

Perpustakaan genomik penting untuk mempelajari struktur dan fungsi genomik, gen spesifik, lokasi gen, pemetaan gen, mutasi, sekuensing gen, identifikasi gen terapi baru dll.

Figur_1: konstruksi perpustakaan genomik

Apa itu perpustakaan cDNA?

Perpustakaan cDNA adalah kumpulan klon DNA (cDNA) pelengkap yang disintesis dari mRNA total suatu organisme. Prosedur konstruksi melibatkan langkah yang berbeda. Pemurnian mRNA total dari suatu organisme adalah langkah pertama yang terlibat. MRNA terisolasi dikonversi menjadi untai cDNA dengan proses yang disebut transkripsi terbalik. Transkripsi terbalik difasilitasi oleh enzim yang disebut reverse transcriptase. Ini menggunakan primer 3 'kecil dan memulai sintesis untai cDNA pertama komplementer untuk templat untai mRNA. CDNA untai ganda yang dihasilkan dikonversi menjadi fragmen yang lebih kecil menggunakan endonuklease restriksi dan dimasukkan ke dalam vektor yang sesuai. Molekul rekombinan yang dibangun ini kemudian ditambahkan ke dalam organisme inang dan tumbuh dalam media kultur untuk menghasilkan klon. Koleksi klon yang mengandung fragmen cDNA dari suatu organisme dikenal sebagai perpustakaan cDNA. MRNA dewasa yang sepenuhnya diiris tidak mengandung intron dan daerah pengatur. Oleh karena itu fragmen non-coding tidak ada di pustaka cDNA tidak seperti di perpustakaan genomik.

Perpustakaan cDNA penting untuk analisis daerah pengkodean, fungsi gen, ekspresi gen dll.

Figur_2: konstruksi perpustakaan cDNA

Apa perbedaan antara cDNA dan perpustakaan genomik?

Ringkasan - CDNA dan Perpustakaan Genomik

Perpustakaan Genomik mewakili populasi klon yang bertuliskan DNA genom total dari suatu organisme. Perpustakaan cDNA mewakili populasi klon yang mengandung DNA komplementer dari total mRNA suatu organisme. Klon cDNA hanya berisi sekuens yang ditemukan dalam mRNA sedangkan klon genom mengandung urutan seluruh genom. Inilah perbedaan antara cDNA dan perpustakaan genomik.

Referensi:
1. Haneef, Deena T Kochunnijazir. “Perbedaan antara Perpustakaan Genomik dan CDNA.Perbedaan antara perpustakaan genomik dan cDNA. N.P., N.D. Web. 15 Feb. 2017
2. Stekel, Dov J., Yoav Git, dan Francesco Falciani. “Perbandingan ekspresi gen dari beberapa pustaka cDNA."Penelitian genom. Cold Spring Harbor Laboratory Press, DEC. 2000. Web. 16 Feb. 2017
3. “Layar Perpustakaan Genomik untuk Gen yang Terlibat dalam Toleransi N-Butanol di Escherichia Coli.“Layar Perpustakaan Genomik untuk Gen yang Terlibat dalam Toleransi N-Butanol di Escherichia Coli. N.P., N.D. Web. 16 Feb. 2017

Gambar milik:
1. “Formasi Perpustakaan CDNA” oleh PhD Dre di Wikipedia Bahasa Inggris (CC BY-SA 3.0) Via Commons Wikimedia
2. "Konstruksi Perpustakaan Genomik" oleh Aluquette - karya sendiri (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia