Perbedaan antara RAPD dan RFLP
Perbedaan utama - RAPD vs RFLP
Penanda genetik digunakan dalam biologi molekuler untuk mengidentifikasi variasi genetik antara individu dan spesies. DNA polimorfik yang diamplifikasi secara acak (RAPD) dan Polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP) adalah dua penanda molekuler penting yang secara rutin digunakan di laboratorium. RAPD dilakukan dengan primer oligonukleotida pendek dan sewenang -wenang, dan didasarkan pada amplifikasi acak dari beberapa lokasi di seluruh DNA template organisme. RFLP dilakukan dengan endonuklease pembatasan spesifik, dan didasarkan pada polimorfisme fragmen pembatasan yang dihasilkan dan hibridisasi. Perbedaan utama antara rapl dan rflp adalah itu RAPD adalah jenis teknik PCR yang dilakukan tanpa pengetahuan urutan sebelumnya sedangkan RFLP tidak terlibat dalam PCR dan membutuhkan pengetahuan urutan sebelumnya untuk melaksanakan teknik.
ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu RAPD
3. Apa itu RFLP
4. Perbandingan berdampingan - RAPD vs RFLP
5. Ringkasan
Apa itu RAPD?
RAPD adalah penanda molekuler yang berguna dalam biologi molekuler. Ini adalah teknik yang cepat dan mudah. RAPD dapat didefinisikan sebagai metode yang menghasilkan urutan DNA polimorfik sebagai hasil dari amplifikasi acak beberapa lokasi dari template DNA target. RAPD menggunakan primer oligonukleotida pendek dengan urutan sewenang -wenang untuk amplifikasi PCR. Primer disintesis secara artifisial tanpa pengetahuan urutan sebelumnya. Oleh karena itu, ini dianggap sebagai teknik yang mudah dan bermanfaat.
Langkah -langkah utama berikut terlibat dalam RAPD.
- Ekstraksi DNA target
- Amplifikasi beberapa lokasi DNA target menggunakan primer yang dipilih secara acak
- Elektroforesis gel dari produk PCR yang diamplifikasi
- Pewarnaan dengan etidium bromida dan identifikasi polimorfisme
Sebagai hasil dari variasi dalam anil primer, fragmen yang berbeda dengan panjang yang berbeda dihasilkan selama amplifikasi. Oleh karena itu, pola banding pada gel berbeda di antara individu dan spesies. Dengan demikian, RAPD memungkinkan deteksi variasi genetik di antara organisme dalam identifikasi dan diferensiasi.
RAPD diterapkan dalam berbagai studi biologi molekuler seperti identifikasi perbedaan genetik antara spesies yang terkait erat, pemetaan gen, sidik jari DNA, identifikasi penyakit yang diwariskan, dll.
Gambar 01: RAPD
Apa itu RFLP?
Polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP) adalah penanda molekuler yang digunakan dalam biologi molekuler untuk identifikasi variasi genetik dalam sekuens DNA homolog. Ini adalah penanda genetik pertama yang dikembangkan untuk sidik jari DNA. Semua organisme menghasilkan profil DNA yang unik saat dibatasi dengan enzim pembatasan spesifik. RFLP berfungsi sebagai alat penting dalam menghasilkan profil DNA unik individu dan deteksi variasi genetik di antara mereka. Ketika sampel DNA dicerna dengan endonuklease pembatasan spesifik, itu menghasilkan profil DNA yang berbeda yang unik untuk masing -masing individu. Oleh karena itu, utama dari metode ini adalah deteksi variasi genetik di antara organisme dengan membatasi DNA homolog dengan enzim restriksi spesifik dan analisis polimorfisme panjang fragmen melalui elektroforesis gel dan blotting. Pola blotting unik untuk setiap organisme dan mengkarakterisasi genotipe spesifik.
Langkah -langkah berikut terlibat dengan RFLP.
- Isolasi jumlah DNA yang cukup dari sampel
- Fragmentasi sampel DNA dengan endonuklease pembatasan spesifik menjadi urutan pendek
- Pemisahan fragmen yang dihasilkan dengan panjang yang berbeda dengan elektroforesis gel agarosa.
- Transfer profil gel ke dalam membran oleh Southern blotting
- Hibridisasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang fragmen di setiap profil
RFLP memiliki berbagai aplikasi seperti diagnosis penyakit warisan, pemetaan genom, identifikasi kriminal dalam studi forensik, pengujian ayah, dll.
Gambar 02: Genotipe RFLP
Apa perbedaan antara RAPD dan RFLP?
RAPD vs RFLP | |
| RAPD adalah penanda molekuler berdasarkan primer acak dan PCR. | RFLP adalah penanda molekuler berdasarkan produksi fragmen pembatasan panjang yang berbeda. |
| Sampel yang diperlukan | |
| Sampel DNA kecil sudah cukup untuk analisis RAPD. | Sejumlah besar sampel DNA yang diekstraksi diperlukan untuk analisis RFLP. |
| Waktu | |
| RAPD adalah proses yang cepat. | RFLP adalah proses yang memakan waktu. |
| Penggunaan primer | |
| Primer acak digunakan dan primer yang sama dapat digunakan untuk spesies yang berbeda. | Probe spesifik spesies digunakan dalam RFLP untuk hibridisasi. |
| Keandalan | |
| Keandalan teknik ini kurang dibandingkan dengan RFLP. | RFLP adalah teknik yang dapat diandalkan. |
| Blotting | |
| RAPD melibatkan Southern Blotting. | Southern Blotting adalah satu langkah RFLP. |
| Deteksi variasi alelik | |
| Variasi alelik tidak dapat dideteksi oleh RAPD. | Variasi alelik dapat dideteksi oleh RFLP. |
| Perlu Pengetahuan Urutan | |
| RAPD tidak memerlukan pengetahuan urutan sebelumnya. | Pengetahuan urutan sebelumnya diperlukan untuk merancang probe. |
| Pcr | |
| PCR terlibat dengan RAPD | PCR tidak terlibat dengan RFLP. |
| Reproduktifitas | |
| RAPD memiliki reproduktifitas yang rendah | RFLP memiliki reproduktifitas tinggi dibandingkan dengan RAPD. |
Ringkasan -RAPD vs RFLP
RAPD dan RFLP adalah penanda penting yang digunakan dalam biologi molekuler. Kedua metode ini mampu mendeteksi variasi genetik di antara organisme. RAPD dilakukan dengan menggunakan primer acak. RFLP dilakukan dengan menggunakan enzim pembatasan spesifik. Kedua metode menghasilkan profil DNA yang unik untuk organisme individu. RAPD terlibat sebanding beberapa langkah dari RFLP. Tetapi menghasilkan hasil yang kurang dapat diandalkan dan dapat direproduksi daripada RFLP. Ini adalah perbedaan utama antara RAPD dan RFLP.
Referensi:
1. Dos, j. B., J. Nienhuis, hlm. Skroch, J. Tivang, dan m. K. Slocum. “Perbandingan penanda genetik RAPD dan RFLP dalam menentukan kesamaan genetik di antara Brassica oleracea l. genotipe.Tag. Genetika teoretis dan terapan. Theoretische Undang Angewandte Genetik. U.S. Perpustakaan Kedokteran Nasional, Mar. 1994. Web. 12 Apr. 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey, dan Antoni Rafalski. “Perbandingan RFLP, RAPD, AFLP
Gambar milik:
1. “RFLP Genotyping” oleh (tidak diketahui) - National Institutes of Health (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia
