Apa perbedaan antara fasta dan fastq

Itu perbedaan utama Antara Fasta dan FastQ adalah bahwa FASTA adalah format berbasis teks yang hanya menyimpan urutan nukleotida atau protein, sedangkan FastQ adalah format berbasis teks yang menyimpan kedua urutan dan nilai kualitas urutan yang terkait.

Bioinformatika adalah bidang yang menggunakan perangkat lunak yang berbeda untuk menganalisis dan memahami data biologis, terutama ketika set data kompleks dan besar. Bidang ini menggabungkan biologi, kimia, fisika, ilmu komputer, rekayasa informasi, matematika, dan statistik untuk menganalisis dan menafsirkan data biologis. Fasta dan FastQ adalah dua format representasi urutan di bidang bioinformatika untuk menyelaraskan dan menganalisis sekuens. Faktanya, FastQ adalah format file urutan yang memperluas format FASTA dengan kemampuan untuk menyimpan kualitas urutan.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu fasta
3. Apa itu fastq
4. Kesamaan - Fasta dan FastQ
5. Fasta vs FastQ dalam bentuk tabel
6. Ringkasan - FASTA vs FastQ

Apa itu fasta?

FASTA adalah perangkat lunak penyelarasan untuk urutan DNA dan protein. Perangkat lunak FASTA menggunakan format FASTA. Ini adalah format berbasis teks yang mewakili urutan nukleotida atau urutan asam amino (protein). Di sini, kode huruf tunggal mewakili kedua urutan ini. Fasta adalah alat penting di bidang bioinformatika dan biokimia. Format ini memungkinkan nama urutan dan komentar untuk mendahului urutan.

Gambar 01: Urutan FASTA

Format ini berasal dari perangkat lunak FASTA dan diperkenalkan oleh David J. Lipmann dan William R. Pearson pada tahun 1985. Alat FASTA memiliki banyak modifikasi dari waktu ke waktu, dan versi terbaru terdiri dari program untuk protein: protein, DNA: DNA, protein: DNA yang diterjemahkan (dengan frameshifts) dan pencarian peptida yang dipesan atau tidak dipesan. FASTA membaca urutan nukleotida atau asam amino yang diberikan dan mencari database urutan yang sesuai dengan menggunakan penyelarasan urutan lokal untuk menemukan kecocokan dari urutan database yang serupa.

Apa itu fastq?

FastQ adalah perangkat lunak penyelarasan yang digunakan di bidang bioinformatika, yang menyimpan kedua urutan biologis (biasanya urutan nukleotida) dan skor kualitas yang sesuai. FastQ awalnya dikembangkan untuk menggabungkan urutan format yang diformat dan data kualitas terkait oleh Wellcome Trust Sanger Institute. Dengan pengembangan di bidang bioinformatika, FastQ menjadi standar de facto untuk menyimpan output dari banyak instrumen sekuensing throughput tinggi.

Format FastQ menggunakan empat baris berbeda per urutan. Baris 1 dimulai dengan karakter @ dan diikuti oleh pengidentifikasi urutan (mirip dengan garis judul FASTA). Baris 2 terdiri dari huruf urutan mentah. Pada baris 3, urutan dimulai dengan karakter '+' dan secara opsional diikuti oleh pengidentifikasi urutan yang sama. Baris 4 mengkodekan nilai kualitas untuk urutan di baris 2 dan harus terdiri dari jumlah simbol yang sama dengan huruf dalam urutan.

Apa kesamaan antara fasta dan fastq?

• Fasta dan FastQ adalah alat penyelarasan.
• Mereka adalah dua format representasi urutan.
• Keduanya terkait dengan bidang bioinformatika.
• Baik Fast dan FastQ adalah alat penting untuk tujuan penyimpanan dan pengurutan.
• FastQ adalah perpanjangan dari format FASTA dengan kemampuan untuk menyimpan kualitas urutan.

Apa perbedaan antara fasta dan fastq?

FASTA adalah format berbasis teks yang hanya menyimpan urutan nukleotida atau protein, sedangkan FastQ adalah format berbasis teks yang menyimpan urutan urutan dan nilai kualitas urutan terkait. Dengan demikian, ini adalah perbedaan utama antara fasta dan fastq. Selain itu, fasta menyimpan fragmen urutan setelah dipetakan, sementara fastq menyimpan fragmen urutan sebelum pemetaan. Selain itu, perbedaan lain antara fasta dan fastq adalah bahwa fasta terdiri dari satu baris deskripsi, dan fastaq terdiri dari empat baris.

Infografis di bawah ini menyajikan perbedaan antara FASTA dan FASTQ dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.

Ringkasan -FASTA vs FastQ

Bioinformatika menggunakan berbagai format urutan seperti FASTA dan FASTQ, dll. Fasta menyimpan fragmen urutan setelah dipetakan saat fastq menyimpan fragmen urutan sebelum pemetaan. FASTA adalah perangkat lunak penyelarasan untuk urutan DNA dan protein. Ini terdiri dari program untuk protein: protein, DNA: DNA, protein: DNA yang diterjemahkan (dengan frameshifts), dan pencarian peptida yang dipesan atau tidak tertib. FastQ adalah perangkat lunak penyelarasan yang digunakan di bidang bioinformatika dan menyimpan kedua urutan biologis (biasanya urutan nukleotida) dan skor kualitas yang sesuai. Fasta terdiri dari satu baris deskripsi, dan FastQ terdiri dari empat baris. Jadi, ini merangkum perbedaan antara fasta dan fastq.

Referensi:

1. Akalin, Altuna. “Genomik komputasi dengan r."7.1 format FASTA dan FASTQ.
2. “Deskripsi Format Fasta."Informasi Nasional Pusat Bioteknologi, U.S. Perpustakaan Kedokteran Nasional.

Gambar milik:

1. "Histone Alignment" oleh Thomas Shafee - karya sendiri (CC oleh 4.0) Via Commons Wikimedia