Apa perbedaan antara Golden Gate dan Gibson Assembly

Itu perbedaan utama Antara Golden Gate dan Gibson Assembly adalah bahwa gerbang emas bergantung pada keberadaan situs pembatasan dalam urutan tertentu yang akan dikloning, sedangkan perakitan Gibson tidak bergantung pada keberadaan situs pembatasan dalam urutan tertentu yang akan dikloning.

Selama beberapa dekade terakhir, para ilmuwan molekuler telah mengembangkan berbagai prosedur standar yang memungkinkan perakitan beberapa fragmen DNA yang lebih mudah menjadi satu bagian. Oleh karena itu, metode kloning seperti ligasi enzim restriksi, kloning gateway, perakitan Gibson, perakitan gerbang emas, dan kloning topo banyak digunakan oleh para peneliti dalam percobaan ilmiah. Oleh karena itu, gerbang emas dan perakitan Gibson adalah dua metode kloning molekuler yang memungkinkan perakitan beberapa fragmen DNA menjadi satu bagian.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Majelis Gerbang Emas
3. Apa itu Majelis Gibson
4. Kesamaan -Golden Gate dan Gibson Assembly
5. Golden Gate vs Gibson Assembly dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu Majelis Gerbang Emas?

Golden Gate adalah metode kloning molekuler yang memfasilitasi perakitan beberapa fragmen DNA menjadi satu bagian. Metode ini bergantung pada keberadaan situs pembatasan dalam urutan tertentu yang akan dikloning. Itu berasal dari tahun 1996. Teknik ini menggunakan enzim restriksi tipe IIS dan T4 DNA ligase. Enzim ini memotong DNA di luar situs pengakuan. Mereka dapat membuat overhang non-palindromik. Oleh karena itu, beberapa fragmen DNA dapat dirakit menggunakan kombinasi urutan overhang.

Gambar 01: Gerbang Emas

Prosedur Perakitan Golden Gate

Teknik Golden Gate memiliki tiga langkah utama dalam prosedurnya:

• penciptaan overhang di vektor kloning,
• Perakitan beberapa sisipan DNA dengan menggunakan urutan spesifik fragmen dalam overhang, dan
• ligasi.

Perakitan Golden Gate menggunakan vektor kloning melingkar (vektor tujuan). Selain itu, dalam metode ini, situs pembatasan dihilangkan dari produk yang diikat untuk melakukan pencernaan dan ligasi secara bersamaan. Protokol siklus termal khas untuk gerbang emas berosilasi antara 37 ° C dan 16 ° C karena 37 ° C optimal untuk enzim restriksi dan 16 ° C optimal untuk ligase.

Apa itu Majelis Gibson?

Perakitan Gibson adalah metode kloning molekuler yang memungkinkan perakitan beberapa fragmen DNA menjadi satu bagian. Berbeda dengan metode Golden Gate, metode ini tidak bergantung pada keberadaan situs pembatasan dalam urutan tertentu yang akan dikloning. Itu ditemukan oleh Daniel G. Gibson dari j. Institut Craig Venter. Teknik ini adalah jenis metode urutan dan kloning independen ligase (SLIC).

Gambar 02: Majelis Gibson

Prosedur perakitan Gibson

Perakitan Gibson membutuhkan fragmen DNA yang mengandung 20-40 pasangan basa tumpang tindih dengan fragmen DNA yang berdekatan. Tumpang tindih ditambahkan melalui PCR. Kemudian fragmen DNA ini ditambahkan ke campuran Gibson Maser yang memiliki tiga enzim.  Prosedur ini dilakukan dalam kondisi isotermal (50 ° C selama 1 jam) menggunakan tiga enzim yang berbeda: exonuclease, DNA polimerase dan ligase DNA. Eksonuklease mengunyah DNA kembali dari ujung 5 '. Dengan demikian, itu tidak menghambat aktivitas polimerase dan memungkinkan reaksi untuk melanjutkan dalam satu proses tunggal. Daerah untai tunggal yang dihasilkan pada fragmen DNA yang berdekatan dapat dianil karena urutan tumpang tindih. DNA polimerase mengisi celah dengan menambahkan nukleotida. Akhirnya, ligase DNA secara kovalen bergabung dengan DNA segmen yang berdekatan. Biasanya, perakitan Gibson menggunakan vektor tujuan linierisasi. Selain itu, metode ini dapat secara bersamaan menggabungkan hingga 15 fragmen DNA berdasarkan kesamaan urutan.

Kesamaan antara Golden Gate dan Majelis Gibson

• Golden Gate dan Gibson Assembly adalah dua metode kloning molekuler.
• Kedua metode dapat mengumpulkan beberapa fragmen DNA menjadi satu bagian.
• Metode ini menggunakan vektor tujuan.
• Kedua metode menggunakan pengendara sepeda termal untuk perakitan beberapa fragmen DNA.
• Mereka digunakan di mutagenesis terarah situs.

Perbedaan antara Golden Gate dan Gibson Assembly

Golden Gate adalah metode kloning molekuler yang digunakan dalam perakitan beberapa fragmen DNA ke dalam satu bagian yang mengandalkan keberadaan situs pembatasan dalam urutan tertentu yang akan dikloning, sedangkan perakitan Gibson adalah metode kloning molekuler yang digunakan dalam perakitan beberapa fragmen DNA beberapa DNA menjadi satu bagian tanpa mengandalkan keberadaan situs pembatasan dalam urutan tertentu untuk dikloning. Ini adalah perbedaan utama antara Golden Gate dan Majelis Gibson. Selain itu, metode Golden Gate menggunakan vektor tujuan melingkar, sedangkan metode perakitan Gibson menggunakan vektor tujuan linierisasi.

Infografis berikut menabulasi perbedaan antara Golden Gate dan Gibson Assembly.

Ringkasan -Golden Gate vs Gibson Assembly

Kloning molekuler adalah metode yang digunakan untuk merakit molekul DNA rekombinan dan mengarahkan replikasi dalam organisme inang. Golden Gate dan Gibson Assembly adalah dua metode kloning molekuler yang memungkinkan perakitan beberapa fragmen DNA menjadi satu bagian. Metode Golden Gate bergantung pada keberadaan situs pembatasan dalam urutan tertentu yang akan dikloning, sedangkan perakitan Gibson tidak bergantung pada keberadaan situs pembatasan dalam urutan tertentu yang akan dikloning. Dengan demikian, ini adalah perbedaan utama antara Golden Gate dan Gibson Assembly.

Referensi:

1. “Majelis Golden Gate.”New England Biolabs: Reagents for the Life Sciences Industry.

Gambar milik:

1. "Golden Gate Assembly" oleh Lee Yun Jie - karya sendiri (CC BY -SA 4.0) Via Commons Wikimedia
2. “Gibson Assembly Ikhtisar” oleh Tobias Vornholt - Karya Sendiri (CC BY -SA 4.0) Via Commons Wikimedia