Apa perbedaan antara MLVA dan MLST

Itu perbedaan utama Antara MLVA dan MLST adalah bahwa MLVA menggunakan polimorfisme sekuens DNA yang diulang untuk mengkarakterisasi spesies mikroba, sedangkan MLST menggunakan polimorfisme sekuens DNA dari fragmen internal beberapa gen rumah tangga untuk mengkarakterisasi spesies mikroba.

Pengetikan mikroba biasanya digunakan untuk menentukan sumber dan rute infeksi. Itu mengkonfirmasi atau mengesampingkan wabah. Pengetikan mikroba juga melacak transmisi silang patogen yang terkait dengan perawatan kesehatan dan mengenali strain yang virulen. Selain itu, pengetikan mikroba mengevaluasi efektivitas langkah -langkah kontrol spesies mikroba patogen. MLVA dan MLST adalah dua teknik biologis molekuler yang digunakan dalam pengetikan mikroba.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu MLVA 
3. Apa itu MLST
4. Kesamaan -MLVA dan MLST
5. MLVA vs MLST dalam bentuk tabel
6. Ringkasan -MLVA vs MLST

Apa itu MLVA?

Analisis Loci VNTR Multiple (MLVA) adalah metode biologis molekuler yang menggunakan polimorfisme sekuens DNA yang diulang untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. Ini adalah metode yang digunakan untuk analisis genetik spesies mikroba tertentu.

Selama langkah pertama MLVA, masing-masing lokus VNTR yang ditargetkan diamplifikasi oleh PCR dengan primer spesifik wilayah mengapit. Maka fragmen yang diperoleh adalah ukuran yang dipisahkan oleh elektroforesis pada sequencer kapiler. Genotipe dari masing -masing lokus dan hasil yang dikumpulkan dari masing -masing sampel memungkinkan mengkarakterisasi mikroorganisme yang spesiesnya diketahui. Ini juga memungkinkan mengidentifikasi subspesies melalui pengetikan alel dan perbandingan dengan database MLVA.

Gambar 01: MLVA

Metode MLVA ini lebih selektif dari metode MLST. Selain itu, metode MLVA tidak memerlukan langkah sekuensing DNA. Dengan demikian, memungkinkan untuk membedakan subspesies dekat atau spesies klon.

Apa itu MLST?

Pengetikan urutan multilokus (MLST) adalah teknik yang menggunakan polimorfisme sekuens DNA dari fragmen internal beberapa gen housekeeping untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. MLST adalah teknik dalam analisis genetik untuk pengetikan beberapa lokus.

Gambar 02: MLST

Ini adalah jenis pengetikan sekuensing yang digunakan sebagai teknik referensi untuk membedakan berbagai jenis spesies mikroba. Metode ini didasarkan pada sekuensing gen rumah tangga. Gen rumah tangga biasanya mengkodekan protein esensial dari agen mikroba seperti bakteri. Urutan gen housekeeping ini memiliki kekhasan untuk menghadirkan polimorfisme yang stabil dari waktu ke waktu. Oleh karena itu, perbedaan dalam urutan gen housekeeping cukup untuk membedakan strain satu sama lain. Selanjutnya, skema MLST pertama yang akan dikembangkan adalah Neisseria meningitidis, agen penyebab meningitis meningokokal dan septikemia. Sejak diperkenalkan, MLST telah digunakan tidak hanya untuk patogen manusia tetapi juga untuk patogen tanaman.

Apa kesamaan antara MLVA dan MLST?

• MLVA dan MLST adalah dua teknik biologis molekuler yang digunakan dalam pengetikan mikroba.
• Kedua teknik dapat digunakan untuk analisis filogenetik mikroba.
• Kedua teknik didasarkan pada polimorfisme genetik.
• Mereka dapat digunakan untuk mendeteksi penyakit manusia yang menyebabkan patogen mikroba.
• Kedua teknik harus dilakukan oleh ahli biologi molekuler yang terampil.

Apa perbedaan antara MLVA dan MLST?

MLVA adalah teknik yang menggunakan polimorfisme sekuens DNA yang diulang untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. Sementara itu, MLST adalah teknik yang menggunakan polimorfisme sekuens DNA fragmen internal beberapa gen housekeeping untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. Dengan demikian, ini adalah perbedaan utama antara MLVA dan MLST. Selain itu, metode MLVA lebih selektif dari metode MLST.

Infografis di bawah ini menyajikan perbedaan antara MLVA dan MLST dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.

Ringkasan -MLVA vs MLST

MLVA dan MLST adalah dua teknik biologis molekuler yang digunakan dalam pengetikan mikroba. MLVA menggunakan polimorfisme sekuens DNA berulang yang diulang untuk mengkarakterisasi spesies mikroba, sedangkan MLST menggunakan polimorfisme sekuens DNA dari fragmen internal beberapa gen housekeeping untuk mengkarakterisasi spesies mikroba. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara MLVA dan MLST.

Referensi:

1. “Analisis Ulangi Tandem Variabel Variabel Locus (MLVA).”Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit, Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit, 16 Februari. 2016.
2. “Pengetikan Urutan Multilocus."Tinjauan umum | Topik ScienceDirect.

Gambar milik:

1. “1993 48 Kameido Isolates Genotipe” (CC0) melalui Picryl
2. “FMICB-04-00414-G001 (14424086445)” dengan angka filogeni-FMICB-04-00414-G001 (CC dengan 2.0) Via Commons Wikimedia