Perbedaan antara Blast dan Fasta

Itu perbedaan utama Antara ledakan dan fasta adalah itu The Blast adalah alat penyelarasan dasar yang tersedia di situs web Informasi Informasi Bioteknologi Nasional sementara FASTA adalah alat pencarian kesamaan yang tersedia di situs web European Bioinformatics Institute.

Blast dan Fasta adalah dua perangkat lunak yang banyak digunakan untuk membandingkan urutan biologis DNA, asam amino, protein, dan nukleotida dari spesies yang berbeda dan mencari kesamaannya. Algoritma ini ditulis dengan kecepatan mengingat. Karena, ketika para ilmuwan dapat mengisolasi DNA di laboratorium pada pertengahan 1980-an, ia meningkatkan kebutuhan untuk membandingkan dan menemukan gen yang identik untuk penelitian lebih lanjut dengan kecepatan tinggi. Oleh karena itu, kedua perangkat lunak ini dikembangkan sedemikian rupa sehingga pengguna dapat melakukan pencarian cepat dari urutan yang sama dengan urutan kueri mereka.

Blast adalah akronim untuk Alat Pencarian Alignment Lokal Dasar dan menggunakan pendekatan terlokalisasi dalam membandingkan dua urutan. Fasta adalah perangkat lunak yang mengacu pada cepat di mana A berdiri untuk semua. Di sini, perangkat lunak ini bekerja dengan huruf seperti cepat untuk sekuensing DNA dan P cepat untuk protein. Baik ledakan dan fasta sangat cepat dalam membandingkan database genome apa pun dan oleh karena itu, sangat layak secara moneter serta dalam menghemat waktu.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu ledakan
3. Apa itu fasta
4. Kesamaan antara Blast dan Fasta
5. Perbandingan berdampingan - Blast vs Fasta dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu ledakan?

Blast adalah salah satu perangkat lunak bioinformatika yang paling banyak digunakan yang dikembangkan pada tahun 1990.  Sejak itu, tersedia untuk semua orang di situs NCBI. Selain itu, siapa pun dapat mengakses perangkat lunak ini dan menggunakannya. Selain itu, Blast adalah perangkat lunak yang membutuhkan data input atau urutan dalam format FASTA. Tapi, ini memberikan data output dalam teks biasa, format HTML, atau XML. Blast bekerja pada prinsip mencari kesamaan lokal antara dua urutan dan daftar pendek urutan yang sama, dan setelah itu, ia mencari kesamaan lingkungan.

Gambar 01: Hasil Blast

Dengan demikian, perangkat lunak ini mencari sejumlah besar wilayah lokal yang serupa dan memberikan hasilnya untuk mencapai nilai ambang batas. Namun, proses ini berbeda dari perangkat lunak sebelumnya, yang mencari seluruh urutan terlebih dahulu dan kemudian melakukan perbandingan, dan karenanya, membutuhkan banyak waktu.

Terlepas dari pemeriksaan kesamaan di atas, Blast memiliki banyak kegunaan lain seperti pemetaan DNA, membandingkan dua gen yang identik dalam spesies yang berbeda, menciptakan pohon filogenetik, dll.

Apa itu fasta?

FASTA adalah perangkat lunak penyelarasan urutan protein. David J. Lipman dan William R. Pearson menggambarkan perangkat lunak ini pada tahun 1985. Meskipun penggunaan awal perangkat lunak ini adalah untuk membandingkan sekuens protein saja, versi yang dimodifikasi juga dapat membandingkan sekuens DNA. Di sini, perangkat lunak ini menggunakan prinsip menemukan kesamaan antara dua urutan secara statistik. Ini cocok dengan satu urutan DNA atau protein dengan urutan lain dengan metode perataan urutan lokal.

Gambar 02: FASTA

Namun, ia mencari daerah lokal untuk kesamaan, tetapi bukan kecocokan terbaik antara dua urutan. Karena perangkat lunak ini membandingkan kesamaan yang terlokalisasi pada waktu -waktu tertentu, ia juga dapat muncul dengan ketidakcocokan. Dalam urutan, fasta mengambil bagian kecil yang dikenal sebagai k-tupel, di mana tupel dapat dari 1 hingga 6 dan cocok dengan k-tupel dari urutan lainnya. Di akhir proses pencocokan, saat mencapai nilai ambang batas, ia menghasilkan hasilnya.

Apa kesamaan antara ledakan dan fasta?

• BLAST dan FASTA adalah alat bioinformatika yang digunakan untuk membandingkan urutan protein dan DNA untuk kesamaan.
• Juga, kedua program menggunakan strategi penilaian untuk membuat perbandingan antara urutan.
• Selain itu, kedua alat menghasilkan hasil yang sangat akurat.

Apa perbedaan antara Blast dan Fasta?

Blast adalah alat untuk memeriksa kesamaan antara urutan biologis. Di sisi lain, FASTA adalah program lain yang memfasilitasi pemeriksaan kesamaan urutan protein dan DNA. Namun, dibandingkan dengan FASTA, perangkat lunak BLAST sangat populer karena menghasilkan hasil yang lebih akurat dan cepat. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan antara Blast dan Fasta. Selain itu, tidak seperti FASTA, program BLAST dapat dimodifikasi sesuai dengan kebutuhan pengguna. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan lain antara Blast dan Fasta.

Infografis di bawah ini tentang perbedaan antara Blast dan Fasta memberikan detail lebih lanjut.

Ringkasan -Blast vs Fasta

Blast dan Fasta adalah dua program yang memungkinkan pengguna untuk membandingkan urutan kueri dengan urutan dalam database yang ada dan memeriksa kesamaan. Tujuan awal FASTA adalah untuk membandingkan sekuens protein saja. Tapi, versi yang dimodifikasi dari perangkat lunak ini memfasilitasi perbandingan urutan protein dan DNA. Meskipun fasta adalah perangkat lunak yang baik, kebanyakan orang menggunakan alat penyelarasan ledakan karena lebih populer dan menghasilkan hasil yang lebih akurat dan cepat daripada fasta. Juga, alat BLAST dapat dimodifikasi sesuai dengan kebutuhan pengguna. Singkatnya, ini merangkum perbedaan antara Blast dan Fasta.

Referensi:

1.Madden, Thomas. “Alat analisis urutan ledakan.Laporan Neurologi dan Neurosains Saat Ini., U.S. Perpustakaan Kedokteran Nasional, 15 Mar. 2013. Tersedia disini 

Gambar milik:

1."Hasil BLAST CCDC132" oleh NCBI Blast - NCBI Blast, (domain publik) melalui Commons Wikimedia  
2."Fam149a Promoter Region (Fasta Format)" oleh LarsongCD - karya sendiri, (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia