Perbedaan antara contig dan perancah

Itu perbedaan utama antara contig dan perancah adalah itu Contig tidak memiliki celah saat perancah terdiri dari contigs dan celah.

Sequencing genom dari organisme multiseluler sangat sulit dibandingkan dengan sekuensing organisme uniseluler. Sequencing senapan seluruh genom adalah teknik sekuensing genom yang mudah dan cepat untuk genom multiseluler. Ini adalah metode yang mengurutkan banyak fragmen DNA yang tumpang tindih secara paralel. Dalam metode ini, fragmen kecil dirakit menjadi fragmen yang lebih besar dan kemudian menjadi contig yang lebih besar menggunakan komputer. Kemudian contigs dirakit menjadi perancah dan akhirnya menjadi kromosom. Oleh karena itu, contig adalah hamparan sekuens nukleotida yang terus menerus sedangkan perancah adalah bagian dari genom yang terdiri dari contigs dan celah. Baik contig dan scaffold adalah urutan genomik yang direkonstruksi.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu contig 
3. Apa itu perancah
4. Kesamaan antara contig dan perancah
5. Perbandingan berdampingan - contig vs scaffold dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu contig?

Contig adalah urutan genomik. Ini adalah rentang urutan yang terus menerus yang terdiri dari basis A, C, G dan T. Ini dibentuk dengan mengumpulkan beberapa bit DNA yang tumpang tindih menjadi urutan yang lebih panjang. Dengan kata -kata sederhana, contig adalah kumpulan satu set fragmen urutan. Penciptaan Contig melibatkan identifikasi fragmen urutan yang tumpang tindih berdasarkan metode pencocokan string lokal dan penyelarasan yang mengidentifikasi ujung yang tumpang tindih dari urutan.

Contigs tidak memiliki celah. Itu adalah bagian dari perancah. Contigs dirantai bersama saat membuat perancah. Itu membutuhkan informasi tambahan tentang posisi relatif dan orientasi contigs dalam genom. Kesenjangan terpisah contigs dalam perancah. Pada dasarnya, rakitan contig adalah langkah penting dalam sekuensing senapan seluruh genom. Contigs akhirnya dirakit menjadi urutan genomik yang lengkap. Perakitan Contig biasanya membutuhkan pemahaman algoritma dalam pencocokan string dan penyelarasan urutan.

Apa itu perancah?

Perancah adalah urutan genomik yang direkonstruksi dari klon senapan seluruh genom akhir. Secara struktural, perancah terdiri dari contigs dan celah. Oleh karena itu, perancah diciptakan dengan merantai contigs bersama -sama dan memisahkannya dengan celah. Penciptaan perancah membutuhkan informasi mengenai posisi relatif dan orientasi contigs dalam genom. Majelis senapan seluruh genom bertujuan mewakili setiap urutan genom dalam satu perancah. Tapi, itu tidak mungkin. Oleh karena itu, satu kromosom dapat diwakili oleh beberapa perancah. Terkadang perancah bisa tumpang tindih. Selain itu, beberapa perancah dapat disaring selama perakitan.

Gambar 02: Gambaran Umum Rakitan Senapan Genome Seluruh Genome

Panjang celah perancah tidak menunjukkan panjangnya yang sebenarnya. Secara umum, kesenjangan secara sewenang -wenang diatur ke panjang tetap tertentu. Oleh karena itu, kesenjangan dan ketidakpastian ini dalam panjangnya menciptakan masalah dalam memahami hubungan spasial yang sebenarnya dari elemen fungsional dalam genom dan tingkat yang sebenarnya dari informasi yang hilang. Terkadang kesenjangan mewakili informasi genom yang hilang.

Apa kesamaan antara contig dan perancah?

• Contig dan scaffold adalah urutan genomik yang terdiri dari sekuens nukleotida.
• Perancah terdiri dari contigs dan celah.

Apa perbedaan antara contig dan perancah?

Contig adalah urutan kontinu yang dirakit dari satu set fragmen urutan. Sebaliknya, perancah adalah bagian dari urutan genomik yang direkonstruksi dengan merantai contigs. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara contig dan perancah. Selain itu, contigs tidak memiliki celah sementara contigs dalam perancah dipisahkan oleh celah.

Di bawah infografis menabulasi lebih banyak perbedaan antara contig dan perancah.

Ringkasan -Contig vs Scaffold

Baik contig dan scaffold adalah sekuens nukleotida yang direkonstruksi dalam proyek sekuensing seluruh genom. Contig adalah peregangan sekuens genomik yang mengandung basa A, C, G dan T tanpa celah. Perancah adalah urutan genomik terdiri dari contigs dan celah. Oleh karena itu, komponen perakitan terpendek adalah contigs sedangkan perancah adalah kumpulan contigs. Akhirnya, perancah dirakit menjadi kromosom dalam sekuensing seluruh genom. Dengan demikian, ini merangkum perbedaan antara contig dan perancah.

Referensi:

1. Adams, Jill U. “Genom Kompleks: Sequencing Shotgun.”Scitable, Nature Education, 2008, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. "Pet Contig Scaffold" oleh Bupati University of California - (domain publik) via Commons Wikimedia
2. “WGS Denovo Assembly Ikhtisar” oleh Bernardojclavijo - karya sendiri (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia