Perbedaan antara sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom

Itu perbedaan utama Antara sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom adalah Dalam sekuensing senapan hierarkis, genom dipecah menjadi fragmen yang lebih besar sebelum diurutkan sementara, secara keseluruhan sekuensing senapan genom, seluruh genom dipecah menjadi fragmen kecil untuk sekuensing.

Sequencing adalah teknik penting dalam proses molekuler, terutama dalam identifikasi spesies yang akurat. Faktanya, itu adalah teknik mengidentifikasi urutan nukleotida yang tepat dalam suatu gen atau genom. Ada banyak teknik untuk diurutkan. Beberapa di antaranya termasuk metode Maxam Gilbert, metode Sanger dan metode Sanger otomatis.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa sekuensing senapan hierarkis
3. Apa itu sekuensing senapan genome
4. Kesamaan antara sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom
5. Perbandingan berdampingan - Hierarkis vs seluruh genom shotgun sequencing dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa sekuensing senapan hierarkis?

Sequencing Shotgun Hierarkis adalah salah satu metode pengurutan. Ini juga disebut 'Sequencing Top-Down'. Selanjutnya, metode ini terdiri dari dua langkah: langkah pertama adalah amplifikasi genom, dan langkah kedua adalah fragmentasi genom. Dalam metode ini, genom dicukur menjadi fragmen besar terlebih dahulu. Ini diikuti oleh kloning fragmen besar ini menjadi berbagai host menggunakan vektor atau kromosom buatan. Kemudian, vektor rekombinan ini diatur ke dalam perpustakaan. Selama sekuensing senapan, klon vektor rekombinan mengalami pengurutan secara individual. Fragmen -fragmen dalam klon menjalani pencernaan pembatasan untuk lebih mengurangi ukuran genom, sehingga mengalami pengurutan.

Gambar 01: Sequencing Shotgun Hirarki

Selama sekuensing senapan hierarkis, potongan besar fragmen harus diatur secara berurutan, sebelum urutan senapan. Itu terjadi dengan bantuan penanda molekuler yang dimasukkan selama proses kloning.

Sequencing Shotgun Hirarki Membuat Peta Gen Resolusi Rendah. Tapi itu menciptakan peta urutan yang dipesan. Dengan demikian, dibutuhkan durasi lebih lama dari sekuensing langsung. Seluruh proses menunda karena pembuatan perpustakaan vektor rekombinan. Apakah itu juga teknik padat karya. Namun, saat ini, teknik ini otomatis untuk memudahkan pekerjaan.

Apa itu sekuensing senapan genome?

Sequencing Shotgun Genome Seluruh adalah proses sekuensing langkah tunggal. Dalam proses ini, seluruh geser genom terjadi terlebih dahulu. Setelah ini, masing -masing fragmen kecil ini mengalami pengurutan secara acak. Setelah menyelesaikan sekuensing, analisis urutan terjadi. Selama analisis urutan, urutan yang tumpang tindih dihapus, dan analisisnya bukan proses yang dipesan. Oleh karena itu, perakitan urutan adalah proses yang kurang efisien dibandingkan dengan sekuensing senapan hierarkis. Namun, proses sekuensing senapan seluruh genom lebih cepat, dan analisis seluruh genom dapat terjadi pada satu contoh tunggal.

Apa kesamaan antara sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom?

• Sequencing shotgun hierarkis dan seluruh genom adalah dua pendekatan sekuensing.
• Keduanya menjalani urutan sekuensing Sanger atau Sanger Sequencing Sanger.
• Mereka terlibat dalam pengurutan fragmen DNA dan RNA.
• Selain itu, kedua metode itu penting dalam diagnostik molekuler dan tujuan penelitian.
• Saat ini, kedua tekniknya otomatis atau berbasis komputer.
• Kedua teknik bergantung pada fragmentasi genom.

Apa perbedaan antara sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom?

Sequencing Shotgun Hierarkis menghasilkan fragmen berukuran lebih besar dibandingkan dengan sekuensing senapan seluruh genom, yang bekerja dengan fragmen kecil sekuens. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom. Selain itu, sekuensing senapan hierarkis terdiri dari dua langkah utama, sedangkan sekuensing senapan seluruh genom bergantung pada satu langkah utama.

Selain itu, perbedaan lain antara sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom adalah bahwa resolusi lebih tinggi pada sekuensing senapan seluruh genom dibandingkan dengan sekuensing senapan hierarkis.

Infografis di bawah ini merangkum perbedaan antara sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom.

Ringkasan -Sequencing Shotgun Hierarkis vs Seluruh Genome

Sequencing senapan hierarkis dan seluruh genom adalah dua teknik untuk mengurutkan genom besar. Urutan senapan hierarkis adalah proses sekuensing dua langkah di mana genom dipecah menjadi fragmen yang lebih besar. Sebaliknya, sekuensing senapan seluruh genom adalah sekuensing langkah tunggal di mana genom dipecah menjadi fragmen kecil dan secara langsung diurutkan. Dengan demikian, ini adalah perbedaan utama antara sekuensing senapan hierarkis dan seluruh genom. Selain itu, aspek teknis dapat bervariasi di antara dua teknik.

Referensi:

1. Waterston, Robert H, dkk. “Pada sekuensing genom manusia."Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional Amerika Serikat, Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional, 19 Mar. 2002, tersedia di sini.
2. Sobat, Shital. “Urutan genom."LinkedIn Slideshare, 4 Nov. 2014, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. “Seluruh Genome Shotgun Sequencing versus Hierarkis Shotgun Sequencing” oleh Commins, J., Toft, c., Tarif, m. A. - “Metode biologi komputasi dan penerapannya pada genomik komparatif bakteri simbiotik endokeluler dari serangga."Biol. Prosedur Online (2009). Diakses melalui SpringerImages (CC BY-SA 2.5) Via Commons Wikimedia