Perbedaan antara primer acak dan oligo dt

Itu perbedaan utama antara primer acak dan oligo dt adalah itu Primer acak adalah campuran dari semua kemungkinan sekuens oligonukleotida hexamer, sedangkan primer oligo DT terdiri dari bentangan satu-untai 12-18 deoksimidin.

Transkripsi terbalik adalah mekanisme di mana cDNA dapat disintesis menggunakan mRNA atau spesies RNA apa pun. Untuk menghasilkan cDNA, enzim reverse transcriptase dan komponen lain yang diperlukan harus disediakan, terutama templat dan primer. Primer adalah urutan DNA pendek yang dirancang khusus untuk amplifikasi urutan target. Primer acak dan primer oligo dt adalah dua jenis primer umum yang digunakan dalam transkripsi terbalik. Oleh karena itu, primer primer acak atau oligo dt adalah urutan oligonukleotida DNA pendek yang diperlukan untuk transkriptase terbalik untuk memulai transkripsi terbalik. Bergantung pada templat RNA, primer yang sesuai dapat dipilih dari dua jenis primer ini.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu primer acak 
3. Apa itu Oligo DT
4. Kesamaan antara primer acak dan oligo dt
5. Perbandingan berdampingan - primer acak vs oligo dt dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu primer acak?

Primer acak adalah campuran dari oligonukleotida yang mewakili semua urutan hexamer yang mungkin. Urutan primer primer acak adalah 5 ' - d (nnnnnn) -3' n = g, a, t atau c. Oleh karena itu, primer acak dapat digunakan untuk amplifikasi DNA atau RNA untai tunggal oleh DNA polimerase atau reverse transcriptase, masing-masing. Selain itu, campuran primer acak mampu memperkuat semua daerah RNA untuk menghasilkan cDNA. Dengan demikian, ia menghasilkan berbagai panjang cDNA.

Gambar 01: Primer acak

Yang paling penting, campuran primer acak tidak menunjukkan spesifisitas templat. Ini tidak mampu membedakan mRNA dan spesies RNA lainnya. Dan, itu dianil dengan spesies RNA apa pun dalam sampel. Namun, campuran primer acak cocok untuk transkripsi terbalik RNA tanpa ekor poli (a), seperti rRNA, tRNA, RNA non-coding, RNA kecil, mRNA prokariotik dll., RNA terdegradasi, dan RNA dengan struktur sekunder yang diketahui.

Apa itu Oligo DT?

Oligo DT Primer adalah bentangan 12 - 18 deoxythymine (DT). Urutan primer dapat direpresentasikan sebagai 5'-d (ttt ttt ttt ttt ttt ttt) -3. Ini digunakan untuk produksi cDNA dari mRNA yang mengandung poli (A) ekor. Pada dasarnya, ini bertindak sebagai primer untuk reaksi yang dikatalisis oleh reverse transcriptase. Selama transkripsi terbalik, oligo dt primer anil dengan ekor poli-adenilasi yang ditemukan di ujung 3 'dari sebagian besar mRNA eukariotik dan memulai proses.

Gambar 02: Transkripsi Terbalik Menggunakan Oligo DT Primer

Tidak seperti primer acak, primer oligo dt tidak cocok untuk RNA atau RNA terdegradasi yang tidak memiliki ekor poli (a), termasuk RNA prokariotik dan microRNA.

Apa kesamaan antara primer acak dan oligo dt?

• Primer primer acak dan oligo dt adalah dua jenis primer yang digunakan dalam transkripsi terbalik dan membuat cDNA.
• Menggunakan primer primer acak dan oligo dt bersama -sama meningkatkan sensitivitas sintesis cDNA.
• Mereka adalah urutan nukleotida pendek untai tunggal.

Apa perbedaan antara primer acak dan oligo dt?

Primer acak adalah urutan oligonukleotida pendek yang terdiri dari urutan acak. Sementara itu, Oligo DT Primer adalah untaian pendek yang terdiri dari 12 hingga 18 deoksimidin. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara primer acak dan oligo dt. Urutan primer acak adalah 5 ' - d (nnnnnn) -3' n = g, a, t atau c. Sedangkan, urutan oligo dt primer adalah 5'-d (ttt ttt ttt ttt tt ttt) -3 '. Oleh karena itu, kita dapat menganggap ini sebagai perbedaan lain antara primer acak dan oligo dt.

Selain itu, primer acak tidak menunjukkan spesifisitas template, dan mereka berseru dengan spesies RNA apa pun, sedangkan primer oligo DT menunjukkan spesifisitas untuk poli (a) ekor mRNA eukariotik.

Infografis di bawah ini merangkum perbedaan antara primer acak dan oligo dt.

Ringkasan - Primer acak vs Oligo DT

Primer primer dan oligo dt acak adalah dua jenis primer yang digunakan dalam sintesis cDNA. Primer acak terdiri dari campuran oligonukleotida, mewakili semua kemungkinan sekuens hexamer, sedangkan oligo dt primer adalah urutan untai tunggal 12 hingga 18 deoxythymidines. Jadi, ini adalah perbedaan utama antara primer acak dan oligo dt. Selain itu, primer oligo DT berguna untuk transkripsi reverse panjang penuh RNA dengan ekor poli (a), sedangkan primer acak berguna untuk transkripsi terbalik dari sebagian besar spesies RNA, termasuk RNA yang terdegradasi, RNA yang tidak memiliki poli (A) ekor dan RNA yang mengandung RNA Struktur Sekunder. Oleh karena itu, primer acak tidak menunjukkan spesifisitas templat sementara primer oligo dt menunjukkan spesifisitas terhadap mRNA eukariotik yang mengandung poli (a) ekor.

Referensi:

1. “Pengaturan Transkripsi Terbalik: Thermo Fisher Scientific - AS."Pengaturan Transkripsi Terbalik | Thermo Fisher Scientific - AS, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. "Primers RevComp" oleh Zephyris - karya sendiri (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia
2. "RT PCR Model" oleh Lokeshthimmana - karya sendiri (CC BY -SA 4.0) Via Commons Wikimedia