Perbedaan antara RT PCR dan qPCR

Perbedaan Utama - RT PCR vs QPCR
 

Reaksi berantai polimerase adalah teknik yang digunakan untuk memperkuat wilayah DNA tertentu in vitro. Karena penemuan teknik ini oleh Kary Mullis pada tahun 1983, para ilmuwan dapat membuat ribuan hingga jutaan salinan fragmen DNA spesifik untuk tujuan penelitian. Saat ini telah menjadi teknik yang umum dan dilakukan secara rutin di laboratorium klinis dan penelitian untuk berbagai aplikasi. Ada variasi teknik PCR tradisional seperti RT PCR, PCR bersarang, PCR multipleks, Q PCR, RT - qPCR, dll. RT PCR dan Q PCR adalah dua variasi penting dari PCR. Perbedaan utama antara RT PCR dan Q PCR adalah itu RT PCR digunakan untuk mendeteksi ekspresi gen melalui penciptaanDNA komplementer (cDNA) Transkrip dari RNA ketika Q PCR digunakan untuk mengukur secara kuantitatif produk PCR real time menggunakan pewarna fluorescent.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu RT PCR
3. Apa itu qPCR
4. Perbandingan berdampingan - RT PCR vs QPCR
5. Ringkasan

Apa itu RT PCR?

Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT PCR) adalah varian PCR yang digunakan untuk mendeteksi ekspresi RNA. Ini adalah metode yang sangat penting untuk mendeteksi ekspresi mRNA di jaringan. RT PCR digunakan saat bahan awal sampel adalah RNA. Dalam RT PCR, templat mRNA pertama kali dikonversi menjadi DNA komplementer. Langkah ini dikatalisis oleh enzim reverse transcriptase dan prosesnya dikenal sebagai transkripsi terbalik. Kedua, PCR tradisional digunakan untuk cDNA yang baru disintesis untuk amplifikasi.

RT PCR adalah teknik yang sangat sensitif yang membutuhkan jumlah sampel RNA yang relatif kecil. RT PCR umumnya digunakan dalam diagnosis dan kuantifikasi spesies RNA, terutama virus RNA seperti virus imunodefisiensi manusia dan virus hepatitis C.

Gambar 01: Teknik RT PCR

Apa itu qPCR?

PCR kuantitatif (qPCR) adalah varian PCR yang digunakan untuk mengukur secara kuantitatif produk PCR. Ini juga disebut sebagai reaksi rantai polimerase real-time karena mengukur amplifikasi waktu nyata menggunakan mesin PCR waktu nyata. Ini adalah metode yang cocok untuk menentukan jumlah urutan target atau gen yang ada dalam sampel. Fitur yang menarik dari qPCR adalah menggabungkan amplifikasi dan kuantifikasi sejati menjadi satu langkah. Oleh karena itu, kebutuhan akan elektroforesis gel dalam deteksi dapat dihilangkan dengan teknik qPCR. QPCR menggunakan pewarna fluorescent untuk memberi label produk PCR selama reaksi PCR yang pada akhirnya mengarah pada kuantifikasi langsung. Saat produk PCR menumpuk, sinyal fluorescent juga terakumulasi dan akan diukur dengan mesin waktu nyata. QPCR dapat dikombinasikan dengan RT PCR. Ini dikenal sebagai RT - QPCR atau QRT - PCR dan dianggap sebagai metode yang paling kuat, sensitif dan kuantitatif untuk mendeteksi kadar RNA dalam sel atau jaringan.

Sybr Green dan Taqman adalah dua metode yang digunakan untuk mendeteksi atau menonton proses amplifikasi PCR real time. Sybr Green Metode dilakukan dengan menggunakan pewarna fluoresen yang disebut SYBR Green dan mendeteksi amplifikasi dengan mengikat pewarna untuk menghasilkan DNA untai ganda. Taqman dilakukan dengan menggunakan probe berlabel ganda dan mendeteksi amplifikasi dengan degradasi probe oleh Taq polimerase dan pelepasan fluorofor seperti yang ditunjukkan pada Gambar 02. Kedua metode memantau kemajuan proses amplifikasi dan melaporkan jumlah produk waktu nyata.

PCR waktu nyata memiliki berbagai aplikasi seperti kuantifikasi ekspresi gen, microRNA dan analisis RNA nonkode, genotipe SNP, deteksi varian jumlah salinan, deteksi mutasi langka, deteksi organisme yang dimodifikasi secara genetik, deteksi agen infeksius, dll.

Gambar 02: Teknik PCR kuantitatif

Apa perbedaan antara RT PCR dan qPCR?

Ringkasan - RT PCR vs QPCR

RT PCR dan qPCR adalah dua versi PCR tradisional. Teknik RT PCR dilakukan untuk sampel mRNA dan didorong oleh transkripsi terbalik dan produksi cDNA. QPCR digunakan untuk mengukur produk PCR selama siklus termal PCR real time menggunakan pewarna fluorescent atau probe berlabel. Dalam qPCR, jumlah produk PCR diwakili oleh sinyal fluoresen yang dipancarkan oleh sampel. RT PCR populer digunakan sebagai proses amplifikasi sementara qPCR biasanya digunakan sebagai proses kuantifikasi. Inilah perbedaan antara RT PCR dan qPCR.

Referensi:
1. Deepak, SA, KR KOTTAPALLI, R. Rakwal, g. Oros, ks rangappa, h. Iwahashi, Y. Masuo, dan GK Agrawal. “PCR real-time: merevolusi deteksi dan analisis ekspresi gen.”Genomik saat ini. Bentham Science Publishers Ltd., Juni 2007. Web. 03 Apr. 2017
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els de Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh, dan Jo Vandesompele. “Analisis ekspresi gen berbasis RT-QPCR yang mudah dan sensitif dari sampel FFPE."Berita Alam. Nature Publishing Group, 22 Feb. 2016. Web. 03 Apr. 2017
3. Overbergh, l., A. Giulietti, d. Valckx, b. Decallonne, r. Bouillon, dan c. Mathieu. “Penggunaan PCR transkriptase terbalik waktu nyata untuk kuantifikasi ekspresi gen sitokin.”Jurnal Teknik Biomolekul: JBT. Asosiasi Fasilitas Sumber Daya Biomolekul, Mar. 2003. Web. 03 Apr. 2017

Gambar milik:
1. "Taqman" oleh pengguna: BrainDamaged- karya sendiri oleh pengunggah asli (domain publik) melalui Commons Wikimedia
2. “Reaksi Rantai Polimerase Transkripsi Terbalik” oleh JPark623 - Karya Sendiri (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia