Perbedaan antara sekuensing exome dan RNA

Perbedaan utama - sekuensing exome vs RNA
 

Sequencing asam nukleat adalah teknik yang menentukan urutan nukleotida dalam fragmen tertentu dari DNA atau RNA suatu organisme. Sequencing penting dalam mengidentifikasi makeup DNA dan RNA dari sel dan membedakan gen tertentu yang mengkode protein fungsional; Dengan demikian, pengurutan dapat digunakan untuk memahami mutasi gen dan ekspresi gen ini. Metode Sequencing Sanger atau metode sekuensing generasi berikutnya yang lebih canggih adalah metode sekuensing yang biasanya digunakan. Sequencing exome adalah sekuensing set lengkap ekson atau pengkodean daerah DNA yang ada dalam suatu organisme sedangkan sekuensing RNA adalah prosedur sekuensing asam ribonukleat (RNA). Ini adalah perbedaan utama antara sekuensing exome dan RNA.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa sekuensing exome
3. Apa itu sekuensing RNA
4. Kesamaan antara sekuensing exome dan RNA
5. Perbandingan berdampingan - sekuensing exome vs RNA dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa sekuensing exome?

Exome adalah subset dari genom yang terdiri dari gen pengkodean organisme tertentu. Gen pengkodean dinamai ekson dan ditranskripsikan ke dalam mRNA dan kemudian diterjemahkan ke dalam urutan asam amino. Selama modifikasi pasca transkripsional, mekanisme splicing RNA dalam eukariota menghilangkan intron (daerah non -coding), dan ekson tetap ada. Ada dua teknik utama di mana sekuensing exome dilakukan: berbasis solusi dan berbasis array.

Dalam sekuensing exome berbasis larutan, sampel DNA terfragmentasi menggunakan enzim restriksi atau metode mekanis dan didenaturasi oleh panas. Dalam teknik ini, probe oligonukleotida yang terbiotinilasi (umpan) digunakan untuk secara selektif hibridisasi dengan daerah target dalam genom. Manik -manik streptavidin magnetik digunakan untuk langkah pengikatan. Ikatan diikuti oleh langkah pencucian di mana urutan yang tidak terikat dan tidak ditargetkan dicuci. Target terikat kemudian diamplifikasi menggunakan reaksi rantai polimerase (PCR) dan kemudian diurutkan menggunakan sekuensing Sanger atau teknik sekuensing generasi berikutnya.

Gambar 01: Sequencing Exome

Metode berbasis array juga mirip dengan metode berbasis solusi, kecuali bahwa fragmen DNA ditangkap ke dalam array mikro, dan kemudian ikatan dan langkah -langkah pencucian mengikuti sebelum diurutkan.

Exome Sequencing digunakan dalam banyak aplikasi seperti diagnosis genetik penyakit, dalam terapi gen, dalam mengidentifikasi penanda genetik baru, dalam pertanian untuk mengidentifikasi berbagai sifat agronomi yang menguntungkan dan dalam prosedur pemuliaan tanaman tanaman.

Apa itu sekuensing RNA?

Sequencing RNA didasarkan pada transkriptome, yang merupakan transkrip lengkap dari sel. Tujuan utama dari sekuensing RNA adalah untuk membuat katalog semua spesies transkrip, termasuk mRNA, RNA non-coding, dan RNA kecil, untuk menentukan struktur transkripsi gen dan untuk mengukur tingkat ekspresi setiap transkrip selama pengembangan. Selama sekuensing RNA, teknologi hibridisasi (yang merupakan DNA komplementer yang berasal dari sekuens mRNA matang) pada awalnya digunakan untuk sekuensing. Saat ini, teknik yang lebih akurat dan lanjutan digunakan untuk sekuensing RNA.

Gambar 02: Sequencing RNA

Dalam sekuensing RNA, sampel RNA yang dapat berupa RNA total atau RNA fraksinasi dikonversi menjadi DNA komplementer (cDNA) menggunakan transkripsi terbalik, dan pustaka cDNA disiapkan. Setiap fragmen cDNA melekat pada adaptor di kedua sisi (sekuensing akhir pasangan) atau di satu sisi (sekuensing ujung tunggal). Urutan tag ini diurutkan menggunakan sekuensing Sanger atau generasi berikutnya, seperti sekuensing exome.

Apa kesamaan antara sekuensing exome dan rna?

• Fragmen yang dipilih pendek atau seluruh set DNA / RNA dapat digunakan untuk sekuensing exome atau RNA.
• Fragmen berurutan diawetkan di perpustakaan.
• Sequencing Sanger atau sekuensing generasi berikutnya dapat digunakan.
• Keduanya adalah metode sekuensing in vitro.
• Fragmen berurutan dapat ditentukan dengan tag fluorescent.

Apa perbedaan antara sekuensing exome dan RNA?

Ringkasan -sekuensing exome vs RNA

Exome adalah set lengkap daerah pengkodean suatu organisme dan teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida exome yang tepat dikenal sebagai sekuensing exome. Sequencing RNA adalah teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida RNA suatu organisme. Inilah perbedaan antara sekuensing exome dan RNA.

Unduh Versi PDF dari sekuensing exome vs RNA

Anda dapat mengunduh versi PDF artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan offline sesuai catatan kutipan. Silakan unduh versi PDF di sini perbedaan antara Exome dan RNA Sequencing

Referensi:

1.Wang, Zhong, dkk. “RNA-Seq: Alat Revolusioner untuk Transkriptomik.“Ulasan Alam. Genetika, u.S. Perpustakaan Kedokteran Nasional, Jan. 2009, tersedia di sini. Diakses 3 September. 2017.
2.Warr, Amanda, dkk. “Exome Sequencing: Perspektif Saat Ini dan Masa Depan.”G3: Gen | Genom | Genetika, Genetika Masyarakat Amerika, AUG. 2015, tersedia di sini. Diakses 3 September. 2017.

Gambar milik:

1. "Exome Sequencing Workflow 1A" oleh Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Mata -mata, Benjamin J. Ainscough, OBI L. Griffith - (CC dengan 2.5) Via Commons Wikimedia
2. "Jurnal.PCBI.1004393.G002 ”oleh Sarahkusala - karya sendiri (CC oleh 3.0) Via Commons Wikimedia