Perbedaan antara terjemahan Nick dan ekstensi primer

Perbedaan utama - ekstensi terjemahan nick vs primer
 

Terjemahan Nick dan ekstensi primer adalah dua teknik penting yang dilakukan dalam biologi molekuler. Perbedaan utama antara terjemahan Nick dan ekstensi primer adalah itu Proses terjemahan Nick menghasilkan probe berlabel untuk teknik hibridisasi lainnya ketika Metode ekstensi primer mengidentifikasi urutan RNA spesifik dari campuran dan mengungkapkan informasi tentang ekspresi mRNA. Kedua teknik sangat penting dan secara rutin dilakukan di laboratorium penelitian molekuler.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu terjemahan nick
3. Apa itu ekstensi primer
4. Perbandingan berdampingan - Nick Translation vs Primer Extension
5. Ringkasan

Apa itu terjemahan nick?

Terjemahan Nick adalah teknik penting yang digunakan untuk menyiapkan probe berlabel untuk berbagai teknik biologis molekuler seperti blotting, in situ hibridisasi, fluorescent in situ hibridisasi dll. Ini adalah sebuah in vitro Metode pelabelan DNA. Probe DNA digunakan untuk mengidentifikasi urutan DNA atau RNA spesifik. Dengan bantuan probe berlabel, fragmen spesifik dapat ditandai atau divisualisasikan dari campuran kompleks asam nukleat. Oleh karena itu, probe berlabel disiapkan menggunakan berbagai teknik untuk digunakan untuk berbagai teknik. Terjemahan Nick adalah salah satu metode yang menghasilkan probe berlabel dengan bantuan enzim DNase 1 dan DNA polimerase 1.

Proses terjemahan Nick dimulai dengan aktivitas enzim DNase 1. DNase 1 memperkenalkan torehan di tulang punggung fosfat DNA untai ganda dengan membelah ikatan fosfodiester antara nukleotida. Setelah Nick dibuat, kelompok OH nukleotida gratis akan dihasilkan dan enzim DNA polimerase 1 akan bertindak di atasnya. 5 'hingga 3' aktivitas eksonuklease dari DNA polimerase 1 menghilangkan nukleotida dari nick menuju arah 3 'untai DNA. Secara bersamaan, aktivitas polimerase enzim DNA polimerase 1 bekerja dan menambahkan nukleotida untuk menggantikan nukleotida yang dihilangkan. Jika nukleotida diberi label, penggantian akan terjadi oleh nukleotida berlabel dan akan menandai DNA untuk identifikasi. DNA berlabel yang baru disintesis ini dapat digunakan sebagai probe dalam berbagai reaksi hibridisasi dalam biologi molekuler.

Gambar 01: Proses Terjemahan Nick

Apa itu ekstensi primer?

Ekstensi Primer adalah teknik yang digunakan untuk menemukan urutan RNA spesifik dari campuran RNA dan menemukan ujung 5 'transkrip mRNA. Ini juga digunakan untuk mempelajari struktur RNA dan ekspresi. Metode ekstensi primer dilakukan dengan primer berlabel atau dengan nukleotida berlabel. Jika primer berlabel digunakan, itu tidak termasuk kebutuhan memberi label nukleotida yang digunakan untuk sintesis cDNA. Ada beberapa langkah dalam teknik ini. Dimulai dengan ekstraksi RNA dari sampel. Kemudian primer oligonukleotida berlabel ditambahkan ke dalam campuran bersama dengan bahan yang diperlukan untuk mensintesis cDNA dari urutan RNA tertentu. Anneal primer dengan urutan komplementer dari campuran. Menggunakan urutan anil primer sebagai templat, enzim reverse transcriptase mensintesis DNA komplementer (cDNA) dari urutan RNA. Primer Annealing dan Transkripsi Terbalik terjadi hanya ketika urutan RNA spesifik hadir dalam sampel. Akhirnya, saat mendenaturasi elektroforesis gel dilakukan, ukuran urutan RNA dapat ditentukan. Juga mudah untuk menemukan basis +1 dari urutan mRNA (Situs Inisiasi Transkripsi) dengan metode ekstensi primer. Jumlah mRNA yang ada dalam sampel dapat dikuantifikasi dengan metode ini jika kelebihan primer digunakan.

Gambar 02: Ekstensi Primer

Apa perbedaan antara terjemahan Nick dan ekstensi primer?

Ringkasan -Nick Translation vs Primer Extension

Nick Translation adalah metode yang digunakan untuk mensintesis probe berlabel berdasarkan aktivitas DNase 1 dan E coli Enzim DNA polimerase 1. Ini adalah sebuah in vitro Metode yang digunakan di laboratorium sebelum teknik hibridisasi yang berbeda. Selama terjemahan Nick, aktivitas eksonuklease 5'-3 'dari DNA polimerase 1 menghilangkan nukleotida di depan Nick dan aktivitas polimerase DNA polimerase 1 menggantikan nukleotida yang dihilangkan dengan nukleotida berlabel di belakang Nick. Ekstensi primer adalah metode yang digunakan untuk mendeteksi transkrip RNA spesifik dari campuran dan mengukur ukuran dan jumlah bunga RNA. Inilah perbedaan antara terjemahan Nick dan ekstensi primer.

Referensi
1. Reid, Alex. “Terjemahan Nick."Springer. N.P., N.D. Web. 18 Apr. 2017
2. “Ekstensi Primer."Diagnostik nasional. N.P., N.D. Web. 19 Apr. 2017
3. Kuo, m. T., dan W. Plunkett. “Nick-Translation Kromosom Metafase: Pelabelan In Vitro Daerah Nuklease-Hypersensitif dalam Kromosom."Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional Amerika Serikat. U.S. Perpustakaan Kedokteran Nasional, Feb. 1985. Web. 19 Apr. 2017
4. Raymond et al. “Uji PCR primer-ekstensi kuantitatif yang sederhana untuk pemantauan langsung microRNA dan RNA pendek.”RNA. Hak Cipta 2005 oleh RNA Society, Nov. 2005. Web. 19 Apr. 2017

Gambar milik:
1. "Primer Extension Assay" oleh JJNMMNJJ - karya sendiri (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia