Perbedaan antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan

Itu perbedaan utama antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan adalah itu Kesamaan adalah rupa (kemiripan) antara dua urutan dalam perbandingan sedangkan identitas adalah jumlah karakter yang cocok dengan tepat antara dua urutan yang berbeda.

Bioinformatika adalah bidang sains interdisipliner yang terutama melibatkan biologi dan genetika molekuler, ilmu komputer, matematika, dan statistik. Penyelarasan urutan adalah istilah utama dalam bioinformatika. Ini adalah prosedur di mana urutan DNA, RNA atau protein diatur untuk mengidentifikasi daerah kemiripan yang merupakan konsekuensi dari hubungan fungsional, struktural atau evolusi antara urutan. Di akhir penyelarasan, mereka akan disajikan sebagai baris dalam matriks. Untuk menyelaraskan karakter yang identik dalam coloums berturut -turut, celah yang dimasukkan ada di antara residu.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa kesamaan dalam penyelarasan urutan
3. Apa itu identitas dalam perataan urutan
4. Kesamaan antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan
5. Perbandingan berdampingan - kesamaan vs identitas dalam perataan urutan dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa kesamaan?

Kesamaan dalam perataan urutan adalah kemiripan antara dua urutan bila dibandingkan. Fakta ini tergantung pada identitas urutan. Kesamaan menggambarkan sejauh mana residu diselaraskan. Oleh karena itu, urutan serupa berisi sifat yang serupa. Dalam bioinformatika, kesamaan adalah alat untuk menilai kemiripan antara dua protein.

Gambar 01: Kesamaan dalam perataan urutan

Ada dua langkah utama untuk mengurutkan proses penyelarasan. Langkah awalnya adalah penyelarasan pasangan, yang membantu menemukan penyelarasan optimal antara dua urutan (termasuk celah) menggunakan algoritma seperti Blast, Fasta, dan LaLign. Algoritma pencocokan menemukan jumlah minimum operasi edit; in-dels and subsitusi untuk menyelaraskan satu urutan ke urutan lainnya. Setelah penyelarasan pasangan, perlu untuk mendapatkan dua parameter kuantitatif dari masing-masing perbandingan pasangan-bijaksana. Mereka adalah identitas dan kesamaan.

Apa itu identitas?

Identitas dalam perataan urutan adalah jumlah karakter yang cocok persis antara dua urutan yang berbeda. Oleh karena itu, kesenjangan tidak penting saat menilai identitas. Pengukuran dianggap relasional dengan urutan yang lebih pendek di antara dua urutan. Itu secara signifikan menyiratkan bahwa ia memiliki efek di mana identitas urutan tidak transitif. Jika x = y dan y = z, maka x tidak harus sama dengan z. Ini disimpulkan dalam hal ukuran jarak identitas.

Gambar 02: Identitas dalam perataan urutan

Misalnya, X memiliki urutan AAGGCTT, Y memiliki urutan AAGGC dan Z memiliki urutan AAGGCAT. Identitas antara x dan y adalah 100% 5 nukleotida identik / mnt [panjang (x), panjang (y)]. Identitas antara y dan z juga 100%. Tetapi identitas antara x dan z hanya 85% (6 nukleotida identik / 7).

Apa kesamaan antara kesamaan dan identitas dalam perataan urutan?

• Kesamaan dan identitas adalah dua istilah yang kami gunakan secara berurutan.
• Juga, mereka merujuk pada kemiripan antara dua urutan.
• Selain itu, kami menyatakannya sebagai nilai persentase.

Apa perbedaan antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan?

Kesamaan dalam penyelarasan mengatakan kemiripan antara dua sekuens bila dibandingkan sementara identitas dalam perataan urutan menceritakan jumlah karakter yang cocok persis antara dua urutan yang berbeda. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan utama antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan.

Ringkasan -Kesamaan vs identitas dalam perataan urutan

Penyelarasan urutan membantu mengidentifikasi daerah kemiripan dalam DNA, RNA atau protein yang dihasilkan karena hubungan fungsional, struktural atau evolusi antara urutan. Oleh karena itu, kesamaan dan identitas adalah dua istilah utama dalam konteks penyelarasan urutan. Perbedaan utama antara kedua istilah ini adalah bahwa kesamaan adalah kemiripan antara dua urutan dalam perbandingan sementara identitas adalah jumlah karakter yang cocok persis antara dua urutan yang berbeda. Dengan demikian, ini adalah ringkasan perbedaan antara kesamaan dan identitas dalam penyelarasan urutan.

Referensi:

1. “Identitas dan Kesamaan - Ukuran Kuantitatif.Identitas dan kesamaan - ukuran kuantitatif, tersedia di sini.
2. “Penyelarasan urutan.”Penyelarasan Urutan - Bioinformatika.Org wiki, tersedia di sini.

Gambar milik:

1. “Filogeni Berbasis Penyelarasan dan Alignment -Free” oleh Kolekar Pandurang - Karya Sendiri (CC oleh 3.0) Via Commons Wikimedia
2. “Blast Sample Output” oleh Fdardel - karya sendiri (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia