Perbedaan antara primer PCR dan primer sekuensing

Perbedaan Utama - PCR Primer VS Pengurutan Primer
 

Dengan perkembangan terbaru di bidang biologi molekuler, teknik genetik yang berbeda dikembangkan yang membuat proses investigasi dari berbagai jalan subjek mudah dan akurat. PCR dan prosedur sekuensing lainnya adalah dua teknik penting seperti itu. Mereka menggunakan subkomponen yang berbeda. Primer dianggap sebagai sub-komponen utama yang umum untuk PCR dan teknik sekuensing. Primer PCR digunakan untuk amplifikasi urutan DNA tertentu sementara sEquencing Primer digunakan dalam konteks pengurutan fragmen DNA dengan maksud mengungkapkan urutan spesifik dari urutan nukleotida. Ini adalah perbedaan utama Antara primer PCR dan primer sekuensing.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu primer PCR
3. Apa primer sekuensing
4. Kesamaan antara primer PCR dan primer pengurutan
5. Perbandingan berdampingan - primer PCR vs primer sekuensing dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu primer PCR?

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah teknik genetik yang digunakan dalam bidang biologi molekuler untuk memperkuat satu atau sedikit salinan dari segmen DNA tertentu dan untuk mendapatkan jutaan salinan identik. Dalam reaksi PCR, komponen yang berbeda digunakan termasuk primer. Primer adalah untaian DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 membuatnya kompatibel dengan awal dan daerah akhir dari fragmen DNA yang akan diperkuat. Primer bisa menjadi primer maju dan primer terbalik. Primer ini berikatan dengan fragmen DNA pada titik -titik spesifik di mana ia membuat DNA polimerase mengikat primer spesifik di lokasi dan memulai sintesis untai DNA baru.

Pemilihan primer adalah aspek penting dari proses PCR. Pemilihan panjang primer itu penting. Panjang yang ideal adalah 18-25 nukleotida. Jika panjangnya terlalu pendek atau terlalu panjang, primer tidak akan berikatan dengan urutan DNA untuk diamplifikasi secara akurat. Primer yang terlalu pendek menyebabkan anil primer non-spesifik di lokasi yang berbeda dari urutan DNA.

Gambar 01: Primer PCR

Konten guanine dan sitosin (GC) dalam primer yang baik harus dalam kisaran 40-60. Suhu anil primer dan suhu leleh adalah faktor vital selama PCR. Suhu leleh harus dihitung secara akurat, dan suhu anil primer harus 5 ⁰C Kurang dari suhu leleh. Suhu leleh harus 60 ° C dan 75 ° C. Suhu terlalu tinggi atau terlalu rendah akan menghasilkan aktivitas DNA polimerase yang kurang aktif.

Apa primer sekuensing?

Sequencing Primer digunakan dalam konteks sekuensing fragmen DNA dengan maksud mengungkapkan identitas spesifiknya. Untuk mendapatkan hasil sekuensing yang baik primer dan templat berkualitas tinggi adalah penting. Jadi, ketika primer dipilih, mereka harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita ingin urutan. Itu juga harus dengan orientasi yang benar di mana urutan biasanya dihasilkan dari ujung 3 'hingga 5'. Urutannya harus kurang hibridisasi diri yang tidak diinginkan seperti pembentukan jepit rambut. Seharusnya tidak mengandung pembentukan pangkalan guanin berturut -turut.

Suhu leleh (TM) primer harus cocok untuk kondisi sekuensing. Oleh karena itu, itu harus berada di antara 52^HaiC dan 74^HaiC. Persiapan oligonukleotida yang akan digunakan sebagai primer harus dimurnikan untuk mendapatkan panjang yang diinginkan dari urutan. Jika oligonukleotida mengandung pengotor, pensinyalan urutan primer akan ditumpangkan dari berbagai situs priming, dan itu juga akan mengurangi jumlah sel dasar.

Gambar 02: Sequencing Primer

Suhu leleh primer (TM) dari oligonukleotida menentukan, seberapa kuat untaian DNA komplementer dihidridisasi satu sama lain. TM dapat dianggap sebagai perhitungan termodinamika di mana ia tergantung pada urutan DNA dan beberapa kondisi seperti konsentrasi garam. TM penting selama PCR di mana varian yang disebut sekuensing siklus digunakan untuk menghasilkan sekelompok fragmen yang diakhiri dideoxynucleotide. Di sini, primer yang diurutkan pada awalnya akan dianil sebagai alternatif, kemudian diperpanjang dan terakhir didenaturasi untuk amplifikasi. Oleh karena itu, nilai TM harus di antara 52^HaiC dan 74^Hai C. Oligonukleotida yang disintesis dapat diperoleh dari laboratorium sintesis DNA/RNA sesuai pilihan. Skala kecil sintesis yang digunakan untuk sekuensing DNA biasanya 50 nmol. Juga yang paling penting primer yang digunakan untuk sekuensing harus dimurnikan agar bebas dari kotoran yang akan mencegah pengurangan kualitas.

Apa kesamaan antara primer PCR dan primer sekuensing?

• Baik primer PCR dan primer sekuensing adalah primer yang digunakan dalam proses amplifikasi dari urutan DNA yang ditargetkan.
• Primer PCR dan primer sekuensing terdiri dari nukleotida.
• Primer PCR dan primer sekuensing adalah oligomer pendek.

Apa perbedaan antara primer PCR dan primer sekuensing?

Ringkasan - Primer PCR vs Pengurutan Primer

Sequencing Primer digunakan dalam konteks sekuensing fragmen DNA dengan maksud mengungkapkan identitas spesifiknya. Satu primer sekuensing akan cukup untuk menjalankan proses. Untuk mendapatkan hasil sekuensing yang baik, primer dan templat berkualitas tinggi penting. Jadi, ketika primer dipilih, mereka harus unik untuk wilayah tertentu di mana kita ingin urutan. Primer PCR adalah untaian DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 yang kompatibel dengan awal dan daerah akhir dari fragmen DNA yang harus diperkuat. Primer PCR bisa menjadi primer maju dan primer terbalik. Konten guanine dan sitosin (GC) dalam primer yang baik harus dalam kisaran 40-60. Suhu anil primer dan suhu leleh adalah aspek vital selama PCR. Ini adalah perbedaan antara primer PCR dan primer sekuensing.

Referensi:

1.“Reaksi Rantai Polimerase (PCR).”Khan Academy. Tersedia disini
2.“Urutan primer dan desain primer.”Sekuensing Primer dan Desain Primer | Layanan DNA Inti Universitas | Universitas Calgary. Tersedia disini    

Gambar milik:

1.'Primer RevComp'by Zephyris - karya sendiri, (CC BY -SA 3.0) Via Commons Wikimedia 
2.'DNA Sequencin 3 Metode Pelabelan'By Abizar (Pengunggah Asli) Di Bahasa Inggris Wikipedia - Ditransfer oleh Gustavocarra., (Domain publik) via commons wikimedia