Perbedaan antara proteomik dan transkriptomik

Perbedaan Utama - Proteomik vs transkriptomik
 

Teknologi omic adalah tren saat ini, di mana berbagai biomolekul suatu organisme dipandang sebagai seluruh koleksi sehubungan dengan sifat dan fungsinya. Teknologi omic memiliki beragam aplikasi. Omics yang berbeda dari sampel biologis termasuk genomik, proteomik, transkriptomik dan metabolomik. Proteomik melibatkan studi lengkap dari semua protein dalam organisme hidup. Ini didefinisikan sebagai himpunan semua protein yang diekspresikan dalam suatu organisme, sifat strukturalnya dan fungsionalnya. Kumpulan protein lengkap, oleh karena itu, membentuk proteome. Transkriptomik adalah studi lengkap dari semua molekul RNA messenger (mRNA) yang ada dalam organisme hidup. Dengan demikian, transkriptomik berkaitan dengan gen yang secara aktif diekspresikan dalam organisme hidup. Total set mRNA dalam organisme hidup disebut sebagai transkriptome. Itu perbedaan utama Antara proteomik dan transkriptomik didasarkan pada jenis biomolekul. Dalam proteomik, set total protein yang diekspresikan dalam organisme hidup dipelajari sedangkan, dalam transkriptomik, total mRNA dari organisme hidup dipelajari.

ISI

1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu proteomik
3. Apa itu transkriptomik
4. Kesamaan antara proteomik dan transkriptomik
5. Perbandingan berdampingan - proteomik vs transkriptomik dalam bentuk tabel
6. Ringkasan

Apa itu proteomik?

Istilah proteomik diciptakan pada tahun 1995 dan awalnya didefinisikan sebagai total pelengkap protein dalam sel, jaringan atau organisme. Dengan kemajuan dalam studi proteomik, kemudian dimodifikasi untuk dianggap sebagai istilah payung di mana banyak bidang studi dimasukkan. Saat ini, di bawah topik proteomik, struktur, orientasi, fungsi, interaksinya, modifikasi, penerapannya dan pentingnya protein dipelajari. Oleh karena itu, banyak penelitian dilakukan di bidang proteomik saat ini.

Studi proteomik pertama dilakukan untuk mengidentifikasi kandungan protein Escherichia coli. Pemetaan kadar protein total dilakukan dengan menggunakan gel dua dimensi (2D). Setelah keberhasilan ini, para ilmuwan beralih untuk mengkarakterisasi kandungan protein total pada hewan seperti kelinci percobaan dan tikus. Saat ini, pemetaan protein manusia dilakukan dengan menggunakan elektroforesis gel 2D.

Aplikasi proteomik

Ada banyak keuntungan mempelajari proteomik, karena protein adalah molekul yang mengatur sebagian besar aktivitas karena sifat katalis protein. Dengan demikian, studi tentang seluruh protein dapat memberikan informasi mengenai status kesehatan suatu organisme. Beberapa aplikasi adalah;

1. Anotasi genom: Dengan mempelajari kandungan protein suatu organisme, genom yang tepat yang bertanggung jawab untuk senyawa protein aktif dapat ditentukan. Dalam skenario ini hasil dari semua genomik, transkriptomik dan proteomik penting.
2. Identifikasi Penyakit / Diagnostik: Proteomik digunakan dalam identifikasi kondisi penyakit, dengan membandingkan yang sehat dan sakit
3. Untuk melakukan ekspresi protein dipelajari selama eksperimen.
4. Modifikasi protein dan studi interaksi: Untuk menggunakan protein di Vitro kondisi atau dan in vivo kondisi, untuk menentukan kondisi penyimpanan protein yang diekstraksi ini dan untuk mempelajari perilaku protein dalam in vitro, in vivo Dan dalam - metode silico.

Gambar 01: Proteomik

Ada berbagai teknik yang terlibat dalam proteomik

1. Ekstraksi total protein dan memisahkan protein menggunakan elektroforesis gel 2D. Protein juga dapat dipisahkan menggunakan kromatografi cair kinerja tinggi (HPLC).
2. Sequencing dari protein yang diekstraksi menggunakan metode seperti metode sekuensing Edmund atau spektrometri massa.
3. Setelah urutan diidentifikasi, sifat struktural dan fungsional dari konten protein dianalisis menggunakan perangkat lunak berbasis komputer dan alat bioinformatika.

Apa itu transkriptomik?

Istilah transkriptome diciptakan baru -baru ini. Transkriptomik adalah studi tentang kandungan mRNA total suatu organisme. Total mRNA adalah DNA yang diekspresikan dalam organisme hidup atau sel. Koleksi lengkap mRNA disebut sebagai transkriptome.

Langkah -langkah menuju menganalisis transkriptome termasuk,

1. Ekstraksi RNA, pemisahan mRNA menggunakan kromatografi gel kolom dengan manik -manik poli DT.
2. Urutan mRNA selesai.

Teknologi microarray adalah salah satu cara umum untuk mengidentifikasi transkriptom suatu organisme. Teknik microarray melibatkan pelat probe dengan untaian pelengkap transkriptome. Setelah hibridisasi, mRNA yang ada dalam organisme atau sel dapat dikarakterisasi.

Gambar 02: Teknik Transkriptomik

Transkriptomik sekarang banyak digunakan di bidang medis. Diagnostik penyakit dan profil penyakit adalah bidang utama di mana transkriptomik digunakan. Dengan menganalisis transkriptom suatu organisme, mRNA asing dapat diidentifikasi, dan jika ada infeksi, itu dapat diidentifikasi. RNA non -coding dapat dipisahkan dengan menggunakan teknologi transkriptomi. Dan juga ekspresi gen di bawah tekanan lingkungan yang berbeda dapat dipantau.

 Apa kesamaan antara proteomik dan transkriptomik?

• Keduanya merupakan bagian dari konsep teknologi omic.
• Keduanya digunakan dalam diagnostik penyakit dan karakterisasi penyakit suatu organisme.
• Kedua bidang studi melibatkan ekstraksi biomolekul, pemisahan biomolekul dan langkah -langkah pengurutan.

Apa perbedaan antara proteomik dan transkriptomik?

Ringkasan -Proteomik vs transkriptomik 

Omics memainkan peran penting dalam bidang ilmu kehidupan. Proteomik mengacu pada studi proteome yang membentuk koleksi lengkap protein dalam sel atau organisme. Transkriptomik mengacu pada studi transkriptome yang merupakan set lengkap DNA yang diekspresikan dalam bentuk mRNA. Dua bidang studi, proteomik dan transkriptomik, diturunkan setelah pengenalan genomik dan saat ini digunakan secara luas dalam diagnostik medis dan dalam karakterisasi dan penyaringan organisme. Inilah perbedaan antara proteomik dan transkriptomik.

Unduh PDF proteomik vs transkriptomik

Anda dapat mengunduh versi PDF dari artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan offline sesuai catatan kutipan. Silakan unduh versi PDF di sini: Perbedaan antara proteomik dan transkriptomik

Referensi:

1.Horgan, Richard P, dan Louise C Kenny. “Teknologi 'omic': genomik, transkriptomik, proteomik dan metabolomik.”The Obstetrician & Gynecologist, Blackwell Publishing Inc, 18 Juli 2011. Tersedia disini  
2.Graves, Paul R., dan Timothy a. J. Saystead. “Panduan Biologi Molekuler untuk Proteomik.“Mikrobiologi dan Ulasan Biologi Molekuler, Masyarakat Amerika untuk Mikrobiologi, MAR. 2002. Tersedia disini
3.Lowe, Rohan, dkk. “Teknologi Transkriptomik.”PLOS Biologi Komputasi, Perpustakaan Umum Sains, Mei 2017. Tersedia disini  

Gambar milik:

1.'Proteomics'by XXL7441 di Wikibooks Inggris - ditransfer dari EN.wikibooks ke commons., (Domain publik) via commons wikimedia
2.'Microarray dan Sequencing Flow Cell'By Thomas Shafee - Karya Sendiri, (CC oleh 4.0) Via Commons Wikimedia